胎儿畸形受遗传、环境、母体及其他等多因素影响。遗传因素有染色体数目或结构异常及遗传物质突变；环境因素包括化学物质（如重金属、农药、甲醛等）、物理因素（如辐射、高温）、生物因素（如风疹病毒、巨细胞病毒、弓形虫等感染）；母体因素涉及营养（如叶酸等缺乏或过量）、疾病（如糖尿病、高血压、甲状腺疾病等）；其他因素包含不良生活方式（吸烟、酗酒）和用药因素（不合理用药）。
环境因素
化学物质：孕妇接触过多的化学物质可能引起胎儿畸形。例如，长期接触铅、汞等重金属，会对胎儿的发育产生不良影响。一些农药如有机磷农药，孕妇接触后也可能增加胎儿畸形的发生风险。另外，孕妇长期处于含有甲醛等有害化学物质的环境中，如新装修且未充分通风的房屋内，甲醛可通过呼吸道等途径被孕妇吸收，进而影响胎儿的正常发育，增加畸形发生几率。
物理因素：辐射也是导致胎儿畸形的重要物理因素之一。孕妇在妊娠期间接受过量的电离辐射，如医疗上不必要的X线检查、长期处于核辐射污染区域等，辐射可能会破坏胎儿的细胞结构和遗传物质，干扰胎儿的正常发育过程，引发畸形。高温环境也可能对胎儿造成影响，孕妇长时间处于过高温度的环境中，如洗桑拿、长时间处于炎热且不通风的环境等，过高的体温可能影响胎儿的器官形成和发育。
生物因素：孕妇感染某些病毒也会增加胎儿畸形的风险。例如，孕妇在孕期感染风疹病毒，胎儿发生先天性心脏病、白内障、耳聋等畸形的概率会明显升高；感染巨细胞病毒，可能导致胎儿出现智力低下、小头畸形等问题；孕妇感染弓形虫，也可能引起胎儿神经系统发育异常、眼部畸形等。
母体因素
营养因素：孕妇在孕期的营养状况对胎儿发育至关重要。如果孕妇缺乏某些重要营养素，如叶酸缺乏，可能导致胎儿神经管畸形，常见的有脊柱裂、无脑儿等。而孕妇缺乏维生素A、锌等营养素时，也可能影响胎儿的正常发育，增加畸形发生的可能性。相反，孕妇如果过量摄入某些物质，如维生素A过量，也会对胎儿产生不良影响，导致胎儿畸形。
疾病因素：孕妇本身患有某些疾病也会影响胎儿发育，引发畸形。例如，孕妇患有糖尿病且血糖控制不佳时，胎儿发生心血管畸形、神经管畸形等的风险会增加。患有高血压的孕妇，如果血压控制不理想，可能导致胎儿生长受限、胎盘功能异常等，进而增加胎儿畸形的发生风险。此外，孕妇患有甲状腺疾病，如甲状腺功能减退，甲状腺激素分泌不足会影响胎儿的神经系统发育，增加胎儿智力低下、生长发育迟缓等畸形相关风险。
其他因素
不良生活方式：孕妇吸烟、酗酒也是导致胎儿畸形的重要原因。孕妇吸烟时，烟草中的尼古丁等有害物质会通过胎盘进入胎儿体内，影响胎儿的血管发育、器官形成等，增加胎儿出现唇腭裂、心血管畸形等的风险。孕妇酗酒，酒精可通过胎盘进入胎儿体内，干扰胎儿的正常代谢和发育过程，导致胎儿出现胎儿酒精综合征，表现为生长发育迟缓、面部畸形、智力低下等多种畸形表现。
用药因素：孕妇在孕期不合理用药也可能引起胎儿畸形。一些药物具有明确的致畸性，如某些抗肿瘤药物、抗癫痫药物等。孕妇在不知情的情况下服用了这些致畸药物，可能会对胎儿发育造成严重影响。但需要注意的是，孕妇患病时不能盲目拒绝用药，而是应在医生的指导下谨慎选择对胎儿相对安全的药物。
