先天性巨结肠的致病因素包括遗传因素、肠道神经嵴细胞发育异常及环境因素。遗传上有一定倾向，多个基因变异相关；肠道神经嵴细胞发育异常会致远端肠道缺神经节细胞引发疾病，孕期多种因素可影响其发育；环境因素中孕期感染病毒、接触化学物质可增加患病可能，出生后肠道感染是较少见的诱发或加重肠道功能紊乱因素
一、遗传因素
先天性巨结肠具有一定的遗传倾向。研究表明，多个基因的突变与先天性巨结肠的发生相关。例如，某些神经发育相关基因的突变可能影响肠道神经嵴细胞的迁移、增殖和分化过程，而肠道神经嵴细胞的正常发育对于肠道神经丛的形成至关重要。如果家族中有先天性巨结肠患者，那么其他家庭成员患病的风险会相对增高。不同性别在遗传易感性上并无明显差异，但家族遗传史的详细情况会影响整体的发病风险评估。对于有家族遗传背景的人群，孕期的相关基因检测等产前筛查可能有助于早期发现潜在问题，但需在专业医疗人员的指导下进行。
二、肠道神经嵴细胞发育异常
肠道神经嵴细胞起源于神经嵴，在胚胎发育过程中需要迁移至肠道并分化形成肠神经系统的神经节细胞。如果在这个过程中出现异常，比如迁移受阻、增殖或分化异常，就会导致远端肠道（通常是直肠和乙状结肠）缺乏神经节细胞，进而使肠道处于痉挛状态，粪便通过受阻，近端肠道逐渐扩张，最终引发先天性巨结肠。这种发育异常与胚胎发育时期的多种因素有关，包括母体在孕期的感染、接触某些致畸物质等情况都可能影响肠道神经嵴细胞的正常发育。不同孕期阶段受到影响时，对肠道神经嵴细胞发育的影响程度和部位可能不同，这也会导致先天性巨结肠的临床表现有所差异。对于孕妇来说，孕期应尽量避免接触有害物质、预防感染等，以降低胎儿肠道神经嵴细胞发育异常的风险。
三、环境因素
（一）孕期环境因素
1.感染因素：母亲在孕期感染某些病毒，如风疹病毒等，可能会干扰胚胎的正常发育，包括影响肠道神经嵴细胞的发育过程，从而增加胎儿患先天性巨结肠的可能性。孕期感染的时间和感染的严重程度不同，对胎儿的影响程度也不一样。例如，在孕早期感染风疹病毒，可能对胎儿的神经系统发育影响更为显著。
2.化学物质接触：孕期接触某些化学物质，如某些农药、工业污染物等，这些化学物质可能通过胎盘影响胎儿的肠道发育，导致肠道神经节细胞形成障碍，引发先天性巨结肠。不同种类的化学物质对胚胎发育的影响机制不同，长期或高剂量接触特定化学物质时，胎儿患病风险会明显升高。孕妇应尽量避免在工作或生活环境中接触这类有害化学物质。
（二）出生后环境因素
出生后如果发生肠道感染等情况，虽然相对孕期因素对先天性巨结肠的直接影响较小，但可能会对已经存在肠道发育潜在问题的婴儿产生不良刺激，影响肠道功能的正常发挥。不过这种情况相对较为少见，更多是作为诱发或加重肠道功能紊乱的因素存在，而非先天性巨结肠的主要致病原因。对于出生后的婴儿，应注意保持良好的卫生环境，预防肠道感染，一旦出现肠道感染症状要及时就医处理。
