小孩子肠套叠的原因包括遗传因素、解剖因素、病毒感染、肠痉挛等。
1.遗传因素
部分小儿肠套叠有家族遗传倾向，如果家族中有肠套叠患者，其他成员患肠套叠的几率可能会相对较高，可能与遗传基因导致的肠道结构和功能异常有关。
2.解剖因素
婴幼儿时期回盲部淋巴结丰富，在炎症等因素刺激下易发生肿大，使得回盲瓣呈唇样凸入肠腔，引起肠道蠕动节律紊乱，成为肠套叠的诱发因素。而且婴儿回盲部游动性大，回盲瓣过度肥厚，也增加了肠套叠发生的风险。
3.病毒感染
肠道病毒感染后，可引起肠道炎症反应，导致肠壁局部充血、水肿、增厚，影响肠道正常蠕动功能，进而引发肠套叠，常见的病毒如腺病毒、轮状病毒等，在感染高发季节，小儿肠套叠的发病率也会相应增加。
4.肠痉挛
由于饮食改变、添加辅食不当、环境变化等原因，可引起小儿肠道痉挛，使肠道蠕动失去正常节律，有的肠段蠕动加快，有的肠段蠕动减慢，快慢不均的蠕动导致肠管套入相邻肠管，形成肠套叠。
