甲状腺囊肿的引起原因包括碘代谢异常（碘摄入不足或过多影响甲状腺功能，不同年龄阶段人群受影响程度不同）、先天性甲状腺发育异常（胚胎期发育异常致甲状腺局部结构异常）、炎症刺激（甲状腺自身炎症反复刺激及不良生活方式等促发，女性更易患相关炎症）、基因突变（影响甲状腺细胞生长分化，不同年龄及有家族遗传史人群更易受影响）。
先天性甲状腺发育异常：胚胎时期甲状腺发育过程中出现异常，如甲状腺组织异位等情况，可能导致甲状腺局部结构异常，为甲状腺囊肿的形成埋下隐患。这种先天性因素导致的甲状腺囊肿，在儿童时期可能就会逐渐显现，由于儿童身体处于发育阶段，甲状腺的异常发育对其后续生长发育可能产生更长远的影响，需要密切关注。
炎症刺激：甲状腺自身的炎症，如桥本甲状腺炎等慢性炎症，会反复刺激甲状腺组织，引起甲状腺组织的损伤、修复等病理过程，进而可能导致甲状腺囊肿的形成。不同性别在炎症的易感性上可能有一定差异，女性相对更容易患一些自身免疫性甲状腺炎症，从而增加甲状腺囊肿的发病几率。长期不良的生活方式，如过度劳累、精神压力过大等，会影响人体的免疫系统功能，使身体更容易受到炎症的侵袭，进而促进甲状腺囊肿的发生。有甲状腺炎症病史的人群，甲状腺组织已经处于相对敏感的状态，更容易在各种诱因下发展为甲状腺囊肿。
基因突变：某些基因突变可能会影响甲状腺细胞的生长、分化等过程，从而增加甲状腺囊肿的发生风险。目前发现的一些与甲状腺细胞增殖、分化相关的基因发生突变时，可能导致甲状腺组织出现异常增生，逐渐形成囊肿。不同年龄人群的基因突变几率有所不同，儿童由于细胞分裂活跃等因素，基因突变的可能性相对存在；而有家族甲状腺疾病遗传史的人群，本身携带相关基因突变的概率可能更高，也就更易患上甲状腺囊肿。
