复杂性肛瘘在适当的治疗下能够被根除，但治疗难度较大，且存在一定复发率。
复杂性肛瘘通常涉及多个瘘管分支和内部开口，病情复杂，但现代医学提供了多种有效的治疗方法，如手术切除、挂线治疗等，通过彻底清除病变组织和异常通道，可达到根除目的。
手术是治疗复杂性肛瘘的主要方法，医生会根据瘘管走向、数量及患者具体情况制定个体化手术方案，如低切高挂法等，多数复杂肛瘘能彻底治愈。不过，术后需严格遵医嘱护理，定期换药，防止假性愈合（即伤口一部分愈合过快掩盖未愈合部分），以降低复发风险。
此外，复杂性肛瘘的治愈率受医生专业水平、术中探查情况及瘘管分布等因素影响，全国治愈率约为70%-80%。患者应及时就医，选择专业机构和经验丰富的医生进行治疗，并保持良好的生活习惯和饮食习惯，以减少疾病复发几率。
