多囊肾的治疗时期一般是存在泌尿系统感染并伴有肾功能减退时。当多囊肾患者泌尿系统发生感染时，会加重肾脏的损伤。而肾功能减退说明肾脏排泄废物、调节水电解质平衡等重要功能受到影响，若不及时干预，会引起高血压、贫血、心力衰竭等并发症，要尽快处理。
如果病变体积较大，对肾实质造成压迫，可以采取囊肿去顶减压术治疗，手术通过切除囊肿顶部，释放囊液，减轻囊肿对肾组织的压迫，缓解症状，保护肾功能。如果多囊肾患者的一侧肾脏严重受损，失去功能，但对侧肾脏功能正常，可以采取肾切除术治疗，减轻身体负担。
当多囊肾发展到终末期肾病，患者需要进行血液透析治疗，通过机器将患者的血液引出体外，经过透析器清除体内的代谢废物和多余水分，再将净化后的血液回输到体内。或者进行肾移植治疗，将健康的肾脏移植到患者体内，恢复肾脏功能。
患者要定期到医院的肾内科进行复查，包括肾功能、尿常规、血压、肾脏超声等，以便及时了解病情变化，调整治疗方案。
