胎儿唇腭裂的发生与遗传、环境及其他因素密切相关。遗传方面家族有唇腭裂患者风险显著增加；环境因素包括孕期感染风疹病毒、使用致畸药物、营养缺乏、接触不良环境；其他因素有孕期不良生活习惯如吸烟酗酒、长期不良精神状态等也会增加风险。
环境因素
孕期感染：孕妇在孕期感染某些病毒，如风疹病毒等，可能增加胎儿唇腭裂的发生几率。研究发现，孕早期感染风疹病毒的孕妇，其胎儿发生唇腭裂的风险比未感染孕妇高出数倍。风疹病毒可以通过胎盘影响胎儿面部的正常发育过程，干扰面部组织的融合。
孕期药物影响：某些药物在孕期使用不当也可能导致胎儿唇腭裂。例如，孕妇在孕期服用了一些具有致畸性的药物，如抗癫痫药物等。这些药物可能通过影响胎儿的发育途径，干扰面部结构的形成，从而增加唇腭裂的发生风险。
孕期营养缺乏：孕妇在孕期缺乏某些重要的营养素，如叶酸等，也与胎儿唇腭裂的发生有关。叶酸对于细胞的正常分裂和分化至关重要，孕期叶酸缺乏会影响胚胎面部发育相关组织的正常形成，导致唇腭裂等畸形的发生。一般认为，孕妇在孕前3个月至孕早期3个月补充叶酸可以有效降低胎儿神经管畸形等的发生风险，同时也可能对降低唇腭裂的发生有一定作用。
孕期接触不良环境因素：孕妇长期接触某些有害的化学物质、放射性物质等，也可能增加胎儿唇腭裂的发生风险。例如，长期处于污染的工作环境或生活环境中，接触到如苯、甲醛等有害物质，会对胎儿的发育产生不良影响，干扰面部结构的正常发育过程。
其他因素
孕期不良生活习惯：孕妇在孕期吸烟、酗酒等不良生活习惯也可能影响胎儿的发育，增加唇腭裂的发生风险。吸烟产生的有害物质会通过胎盘影响胎儿的血液循环和营养供应，酗酒则可能干扰胎儿的代谢过程，从而影响面部组织的正常发育。
孕期精神因素：孕妇在孕期长期处于紧张、焦虑、抑郁等不良精神状态下，可能会通过神经内分泌系统的调节影响胎儿的发育。有研究发现，孕期精神压力过大的孕妇，其胎儿发生唇腭裂的概率相对较高。这是因为不良精神状态可能会影响母体的激素分泌等，进而干扰胎儿面部发育相关的生理过程。
