小儿肠套叠的引起原因较为复杂，主要与解剖因素（婴儿期回盲部系膜未完全固定、活动度大）、饮食改变（添加辅食致肠道功能紊乱）、病毒感染（如轮状病毒感染致肠道功能紊乱）、遗传因素（有家族史后代发病概率增高）、自主神经失调（调节功能未成熟、蠕动节律紊乱）相关
解剖因素：婴儿期回盲部系膜尚未完全固定，活动度较大，这是小儿肠套叠发生的一个重要解剖学基础。例如，婴儿出生后的前几个月，回盲部的位置相对游离，当肠道蠕动发生紊乱时，就容易导致肠套叠的发生。
饮食改变：小儿在添加辅食的阶段，饮食结构发生较大变化，肠道对新食物的适应过程中，可能会引起肠道功能紊乱。比如从单纯的母乳或配方奶喂养过渡到添加水果泥、菜泥等辅食时，肠道消化酶等的分泌一时难以完全适应新的食物成分，可能诱发肠套叠。
病毒感染：某些病毒感染可能会影响肠道的正常蠕动功能。例如轮状病毒感染，研究表明，轮状病毒感染后可能导致肠道淋巴组织增生，引起肠功能紊乱，进而增加肠套叠的发生风险。有相关研究显示，在肠套叠患儿中，轮状病毒感染的检出率相对较高。
遗传因素：虽然遗传因素导致小儿肠套叠的具体机制尚不十分明确，但有一定的家族遗传倾向。如果家族中有过小儿肠套叠的病史，那么后代发生肠套叠的概率可能会相对增高。不过，遗传因素并非是绝对导致小儿肠套叠的原因，只是增加了发病的可能性。
自主神经失调：小儿的自主神经调节功能尚未完全成熟，容易出现失调情况。当自主神经失调时，肠道的蠕动节律可能会发生紊乱，从而引发肠套叠。比如在受到外界环境变化（如气温变化等）刺激时，小儿自主神经失调的情况可能更易发生，进而增加肠套叠的发生几率。
