婴儿慢性腹泻的原因为感染因素、过敏因素、喂养因素、肠道菌群失调、其他因素等。
1.感染因素
病毒、细菌、真菌、寄生虫等感染都可能引发慢性腹泻。如轮状病毒、诺如病毒感染较为常见，感染后肠道黏膜受损，影响消化吸收功能。细菌感染如大肠杆菌、沙门氏菌等，可产生毒素破坏肠黏膜，造成持续腹泻。
2.过敏因素
牛奶蛋白过敏是婴儿慢性腹泻常见原因之一。牛奶中的某些蛋白质可引发婴儿免疫系统过度反应，损伤肠道黏膜，导致腹泻、呕吐等症状。此外，对大豆蛋白、鸡蛋等食物过敏也可能出现类似情况。
3.喂养因素
喂养不当，如过早添加辅食、辅食种类过多过杂、喂养量过大等，超过婴儿消化能力，易引起消化不良和慢性腹泻。突然更换奶粉品牌或转奶方式不当，也可能导致婴儿肠道不适应而腹泻。
4.肠道菌群失调
婴儿肠道菌群尚未完全建立，使用抗生素、生病等因素可能破坏肠道正常菌群平衡，有益菌减少，有害菌增多，影响肠道正常功能，进而导致慢性腹泻。
5.其他因素
一些全身性疾病，如内分泌及代谢障碍疾病、免疫缺陷病等，也可能影响肠道功能，引起慢性腹泻。
