珍珠状阴茎丘疹一般无需特殊治疗，部分患者可观察随访；有治疗意愿者可选择物理治疗，包括激光治疗（创伤小、需注意术后清洁）和冷冻治疗（可能出现肿胀水疱等，需依患者情况操作）；若丘疹严重或患者意愿强烈，经评估可考虑手术治疗，但手术创伤大，不作为首选，术后需严格护理。
观察随访：由于该病属于良性病变，部分患者可能会自行消退，所以对于没有明显症状且不影响生活的患者，主要是进行观察随访，定期观察丘疹的变化情况即可。比如一些处于青春发育期的男性，随着身体发育，部分珍珠状阴茎丘疹可能会自然消退，此时密切观察其形态、数量等变化就行。
物理治疗
激光治疗：利用激光的热能破坏病变组织。对于有治疗意愿的患者可选择激光治疗，激光治疗相对来说创伤较小，能较为精准地去除丘疹。但激光治疗后要注意保持局部清洁，避免感染等情况发生。尤其对于儿童等特殊人群，要谨慎选择，因为儿童皮肤较为娇嫩，激光治疗可能会带来不必要的损伤风险。
冷冻治疗：通过低温使病变组织坏死脱落。冷冻治疗也可用于珍珠状阴茎丘疹的治疗，冷冻治疗后局部可能会出现肿胀、水疱等情况，一般会逐渐恢复。在治疗过程中要根据患者的皮肤耐受情况等进行操作，对于有糖尿病等基础疾病的患者，要注意冷冻治疗后局部恢复情况，因为这类患者伤口愈合相对较慢，需加强护理。
手术治疗：如果丘疹较为严重或患者有强烈的治疗意愿，在经过评估后可考虑手术切除，但手术治疗相对创伤较大，一般不作为首选治疗方式。手术切除后要严格遵循术后护理要求，如保持伤口清洁、按时换药等，以促进伤口愈合，减少感染等并发症的发生。对于不同年龄、性别等人群，手术治疗后的恢复情况会有所不同，比如年轻男性身体恢复能力相对较强，恢复可能会快一些，而老年男性可能恢复相对慢些，且要更关注基础疾病对恢复的影响。
