小儿肠套叠病因未完全明确，可能与解剖因素（婴儿期回盲部系膜未完全固定等致肠套入风险增）、病毒感染（肠道病毒感染致肠道功能紊乱引发）、饮食改变（辅食添加致肠道功能不适应引发）、遗传因素（家族聚集性提示潜在易感性）、自主神经失调（自主神经调节功能不完善致蠕动节律打乱引发）相关。
解剖因素：婴儿期回盲部系膜尚未完全固定，回盲瓣呈唇样凸入盲肠，当肠功能紊乱或蠕动异常时，回盲瓣可上移，导致肠管套入。例如，在婴儿时期，其回盲部结构的这种相对不稳定状态使得发生肠套叠的风险增加。
病毒感染：部分研究表明，肠道内的病毒感染可能是诱发小儿肠套叠的因素之一。如腺病毒、轮状病毒等感染可引起肠道功能紊乱，导致肠蠕动节律失调，从而引发肠套叠。有临床研究发现，在肠套叠患儿的肠道中可检测到相关病毒的存在，提示病毒感染可能参与了发病过程。
饮食改变：婴儿在添加辅食阶段，由于饮食结构的突然变化，可能会引起肠道功能的不适应。例如，从单纯的母乳或配方奶喂养过渡到添加固体食物时，肠道对新食物的消化吸收过程可能引发肠道蠕动的紊乱，进而增加肠套叠的发生风险。
遗传因素：虽然遗传因素在小儿肠套叠发病中所占比例相对较小，但有一定的家族聚集性报道。某些遗传因素可能使得个体的肠道解剖结构或功能存在潜在的易感性，在特定诱因下更容易发生肠套叠。
自主神经失调：小儿的自主神经调节功能尚未完善，容易出现失调情况。当自主神经失调时，肠道的蠕动节律可能被打乱，导致肠管蠕动异常，进而引发肠套叠。比如在受到外界环境变化（如气温变化、情绪刺激等）影响时，小儿自主神经失调的情况可能更易发生，增加肠套叠的发病几率。
