慢性肾小球肾炎发病机制包括免疫炎症反应介导、非免疫炎症机制参与、遗传因素相关及肾小管-间质损伤机制，免疫炎症反应起关键作用，非免疫炎症机制有肾小球内高血压、长期高蛋白饮食、氧化应激等，遗传因素影响发病风险和进程，后期常伴肾小管-间质损伤且儿童和老年有不同受影响特点。
非免疫炎症机制参与
除了免疫炎症反应外，非免疫炎症机制也参与慢性肾小球肾炎的发病。例如肾小球内高血压状态，长期的高血压会导致肾小球内高压，使肾小球毛细血管壁压力增高，进而引起肾小球的结构和功能改变，促使肾小球硬化等病变的发生。在生活方式方面，长期高蛋白饮食可能会加重肾小球的滤过负担，促进非免疫炎症机制相关的病变进展；对于有高血压病史的人群，本身就存在血压调控异常，更容易出现肾小球内高压的情况，从而加速慢性肾小球肾炎的发展。另外，氧化应激也参与其中，机体产生过多的氧自由基等氧化应激产物，会损伤肾小球细胞，影响肾小球的正常功能，如损伤肾小球足细胞等，导致肾小球滤过屏障受损。
遗传因素相关机制
遗传因素在慢性肾小球肾炎的发病中也有一定作用。某些遗传性肾炎相关基因的突变或多态性可能增加个体患慢性肾小球肾炎的易感性。不同年龄、不同性别的人群，其遗传背景存在差异，例如某些特定的基因位点在男性和女性中的分布及作用可能不同，这也会影响慢性肾小球肾炎的发病风险和进程。有家族遗传肾炎病史的人群，其发病机制中遗传因素的影响更为突出，需要在临床诊断和监测中充分考虑遗传因素对病情的影响。
肾小管-间质损伤机制
慢性肾小球肾炎后期往往会伴随肾小管-间质损伤。肾小球病变引起的管周毛细血管血流动力学改变、小管液成分改变等因素可导致肾小管-间质损伤。例如肾小球滤过的蛋白等物质在肾小管内沉积，会引起肾小管细胞的损伤和功能异常，进而导致间质炎症细胞浸润和纤维组织增生等。在儿童患者中，由于其肾小管-间质的发育尚不完善，相对成人更易受到这种损伤机制的影响，需要特别关注对肾小管-间质的保护；对于老年患者，其肾小管-间质的修复能力相对较弱，这种损伤机制可能会使病情进展相对更快。
