双肾囊肿引起原因复杂，包括遗传因素，如常染色体显性多囊肾病因基因缺陷致肾脏多囊肿且具家族聚集性，成年后渐现症状；肾小管梗阻，肾小管梗阻致尿液排出不畅使近端扩张成囊肿，长期缺水或泌尿系统感染等增风险；肾脏退行性变，随年龄增长肾脏退行性变致囊肿样改变，年龄增发生率升高，长期不健康生活方式加速退行性变致双肾囊肿发生。
遗传因素：部分双肾囊肿是由遗传因素导致的，比如常染色体显性多囊肾病，这是一种常见的遗传性肾病。相关研究表明，该疾病是由于基因缺陷引起的，患者携带特定的致病基因，会使得肾脏出现多个囊肿，并逐渐进展，影响肾脏功能。这种遗传因素导致的双肾囊肿具有家族聚集性，若家族中有此类患者，其他家族成员患病风险相对较高。在年龄方面，通常在成年后逐渐显现症状，性别差异相对不明显，但基因携带情况与性别无关，男女都可能携带致病基因而发病。
肾小管梗阻：肾小管梗阻也是双肾囊肿的一个可能诱因。当肾小管出现梗阻时，尿液排出不畅，肾小管近端扩张，逐渐形成囊肿。这种情况可能与肾小管的先天性结构异常或者后天性的一些因素导致的梗阻有关。例如，后天的一些炎症、结石等因素可能引发肾小管局部梗阻，进而促使囊肿形成。生活方式方面，如果长期处于缺水状态或者有泌尿系统感染等情况，可能增加肾小管梗阻的风险，从而增加双肾囊肿的发病几率。对于有泌尿系统基础疾病病史的人群，如曾有过泌尿系统结石、炎症等，需要更加关注肾脏情况，定期检查，因为这类病史可能会增加双肾囊肿的发生风险。
肾脏退行性变：随着年龄的增长，肾脏会出现一定程度的退行性变，这也与双肾囊肿的形成有关。老年人肾脏的结构和功能逐渐衰退，肾小管等结构的功能也会下降，容易出现囊肿样改变。研究发现，随着年龄的增加，双肾囊肿的发生率会逐渐升高。在性别方面，一般来说，老年男性和老年女性都可能受到肾脏退行性变的影响而发生双肾囊肿，但相对而言，老年男性由于一些生理和生活方式等因素，可能在肾脏退行性变方面有一定特点，但这并不是绝对的性别差异导致双肾囊肿的直接原因，主要还是年龄相关的肾脏自身变化起主导作用。生活方式上，长期不健康的生活方式，如吸烟、酗酒、高盐饮食等，会加速肾脏的退行性变，从而增加双肾囊肿的发生可能性。
