神经官能症可通过综合治疗达到临床治愈但存在个体差异。治疗方式包括心理治疗（认知行为疗法约60%-70%患者症状明显改善，支持性心理治疗约50%左右患者症状不同程度缓解）、药物治疗（伴明显焦虑抑郁情绪者约70%症状改善）、物理治疗（部分患者有效率约40%-50%）。影响预后的因素有病情严重程度（轻的易治）、治疗依从性（不配合影响效果）、个体心理特质（敏感多疑者预后稍差）、生活方式（不良阻碍康复）、是否有基础疾病（有基础病会增加治疗难度）。
一、治疗方式及效果
1.心理治疗
认知行为疗法：通过帮助患者识别和改变负面的思维模式和行为习惯来发挥作用。有研究表明，经过系统的认知行为疗法干预，约60%-70%的神经官能症患者症状能明显改善，在改善焦虑、抑郁相关的神经官能症症状方面效果显著。对于不同年龄人群，青少年患者通过认知行为疗法能更好地认识自身情绪和行为模式的偏差，从而进行调整；成年患者也能通过分析自己不合理的认知，改变应对方式。在性别方面，男女均可从该疗法中获益，男性可能更注重通过改变行为来缓解症状，女性可能更关注情绪认知的调整，但最终都能改善症状。有不良生活方式的患者，如长期熬夜、缺乏运动等，通过认知行为疗法改变不合理认知后，会更主动调整生活方式，促进康复。有既往精神心理病史的患者，认知行为疗法可以帮助其建立更健康的心理应对机制，减少复发风险。
支持性心理治疗：为患者提供情感支持、解释病情等。通过这种治疗，能让患者感受到理解和支持，约50%左右的患者症状能得到不同程度缓解。对于儿童青少年神经官能症患者，家长配合支持性心理治疗，营造良好家庭氛围，有助于患儿康复；老年患者在支持性心理治疗下，能更好地适应疾病带来的不适，稳定情绪。女性患者可能更依赖这种情感支持来缓解神经官能症带来的焦虑等情绪，男性患者也能从这种心理支持中稳定心态，配合其他治疗。生活方式不健康的患者，在支持性心理治疗下，会更愿意配合调整生活方式促进康复。有病史的患者，支持性心理治疗能增强其治疗信心，更好地配合治疗方案。
2.药物治疗：根据具体症状使用药物，如抗焦虑抑郁药物等。对于伴有明显焦虑抑郁情绪的神经官能症患者，使用相应药物后，约70%的患者症状能得到改善。不同年龄患者用药有差异，儿童青少年一般慎用药物，以非药物治疗为主；老年患者用药需考虑肝肾功能等因素，选择合适药物。女性患者在使用药物时需考虑月经周期等因素对药物代谢等的影响，男性患者相对影响较小，但也需关注药物副作用等情况。有不良生活方式的患者，在使用药物治疗时，更需要配合调整生活方式，否则可能影响药物治疗效果。有病史的患者使用药物时要考虑既往用药情况和药物相互作用等。
3.物理治疗：如经颅磁刺激等物理治疗方法。部分患者通过物理治疗后症状可改善，有效率约40%-50%。不同年龄患者对物理治疗的耐受性等有差异，儿童青少年需考虑其生长发育情况选择合适的物理治疗参数；老年患者要考虑身体基础状况。性别对物理治疗效果影响不大，主要是个体对物理刺激的反应不同。有不良生活方式的患者，在物理治疗同时调整生活方式，能提高物理治疗效果。有病史的患者进行物理治疗时要考虑既往病史对物理治疗的影响。
二、影响预后的因素
1.病情严重程度：病情较轻的神经官能症患者相对病情重的患者更易彻底治好，病情轻的通过简单的心理调整或少量药物干预即可取得较好效果，而病情重的可能需要综合多种治疗手段且疗程更长。
2.治疗依从性：患者是否严格遵循医生制定的治疗方案非常重要。如果患者不配合心理治疗、不按时服药等，会影响治疗效果，降低彻底治好的可能性。比如不按时服用抗焦虑药物，就难以有效控制症状。
3.个体心理特质：性格过于敏感、多疑、情绪不稳定的患者相对性格开朗、心态乐观的患者预后可能稍差。性格敏感多疑的患者对自身症状关注度高，容易陷入焦虑情绪循环，影响治疗效果。
4.生活方式：长期熬夜、缺乏运动、过度吸烟饮酒等不良生活方式会影响神经官能症的预后。良好的生活方式，如规律作息、适度运动等有助于神经官能症的康复，而不良生活方式会加重神经官能症的症状，阻碍康复。
5.是否有基础疾病：本身患有其他慢性疾病的患者，神经官能症的预后可能受基础疾病影响。基础疾病会干扰神经官能症的治疗，增加治疗难度，比如同时患有糖尿病的神经官能症患者，在治疗时需要综合考虑两种疾病的相互影响。
