慢性腹泻的原因为胃部疾病、肠道感染、肠道非感染性病变、肝胆胰疾病、内分泌及代谢障碍疾病等。
1.胃部疾病
如慢性萎缩性胃炎，由于胃黏膜萎缩，胃酸和胃蛋白酶分泌减少，食物消化不充分，可引起慢性腹泻。胃大部切除术后，食物快速进入小肠，肠道消化吸收功能来不及适应，也会导致腹泻。
2.肠道感染
慢性细菌性痢疾，痢疾杆菌在肠道内持续存在，反复引起肠道炎症，破坏肠道黏膜，影响肠道的吸收和分泌功能。肠结核是由结核分枝杆菌侵犯肠道引起的慢性特异性感染，可导致肠黏膜炎症、溃疡形成，影响肠道正常功能。肠道寄生虫感染，如阿米巴原虫、贾第虫等，可寄生在肠道内，损伤肠黏膜，引发慢性腹泻。
3.肠道非感染性病变
炎症性肠病包括溃疡性结肠炎和克罗恩病，是一种自身免疫性疾病，免疫系统错误地攻击肠道组织，导致肠道炎症、溃疡和出血，引起慢性腹泻、腹痛等症状。肠易激综合征是一种常见的功能性胃肠病，与胃肠动力异常、内脏高敏感性、肠道菌群失调等因素有关，精神紧张、饮食不当等因素可诱发或加重症状。结肠息肉或肿瘤，会影响肠道的正常蠕动和吸收功能，导致慢性腹泻，还可能伴有便血、腹痛等症状。
4.肝胆胰疾病
慢性肝炎、肝硬化时，肝脏合成和分泌胆汁的功能下降，胆汁排泄不畅，影响脂肪的消化和吸收，可出现脂肪泻。慢性胆囊炎、胆石症会导致胆汁浓缩和排泄异常，同样影响脂肪消化。慢性胰腺炎时，胰腺分泌的胰蛋白酶、脂肪酶等消化酶减少，食物尤其是蛋白质和脂肪不能充分消化，引起腹泻。
5.内分泌及代谢障碍疾病
甲状腺功能亢进时，甲状腺激素分泌过多，导致机体代谢加快，胃肠蠕动也随之增快，食物在肠道内停留时间缩短，引起腹泻。糖尿病可引起自主神经病变，影响胃肠的正常蠕动和分泌功能，导致肠道功能紊乱，出现慢性腹泻。
有消化系统疾病病史的人群，如曾患过肠炎、胃炎等，肠道黏膜可能存在一定程度的损伤，更容易复发慢性腹泻。有内分泌疾病、免疫系统疾病等全身性疾病病史的人群，由于基础疾病影响身体的整体功能，也可能导致慢性腹泻。这类人群应积极治疗基础疾病，定期复查，遵医嘱调整治疗方案。
