肠套叠的引起原因主要包括解剖因素（婴儿回盲部系膜未完全固定致易发病）、肠道感染或炎症（病毒细菌感染等影响肠管蠕动诱发）、饮食改变（添加辅食阶段饮食结构突改致肠道功能紊乱引发）、先天发育异常（少数婴儿存在先天肠管畸形成诱因）以及其他因素（环境温度变化、剧烈哭闹等，特殊人群如婴儿及有肠道基础疾病儿童更易发病）。
解剖因素：在婴儿时期，回盲部系膜尚未完全固定，活动度较大，这是婴儿期易发生肠套叠的解剖学基础。例如，婴儿的回盲部较游离，当肠管蠕动功能紊乱时，就容易发生肠套叠。
肠道感染或炎症：肠道受到病毒（如腺病毒、轮状病毒等）、细菌等感染时，肠道黏膜充血、水肿甚至坏死，可影响肠管的正常蠕动，从而诱发肠套叠。比如，儿童在肠道病毒感染后，肠道功能紊乱，可能引发肠套叠。另外，患有某些肠道炎症性疾病，如坏死性小肠结肠炎等，也会增加肠套叠的发生风险。
饮食改变：婴儿在添加辅食阶段，肠道对食物的适应能力较差，饮食结构的突然改变，如从母乳或配方奶转为固体食物，可能导致肠道功能紊乱，引起肠蠕动不协调，进而引发肠套叠。例如，婴儿在开始添加新的辅食时，肠道需要适应新的食物成分，此时容易出现肠套叠。
先天发育异常：极少数婴儿可能存在先天性肠管畸形，如梅克尔憩室、肠息肉等，这些先天发育异常的结构可能成为肠套叠的诱因。例如，梅克尔憩室的存在可能改变肠管的正常解剖结构，使肠管容易发生套叠。
其他因素：环境温度的变化可能影响婴儿的肠道功能，导致肠蠕动紊乱；剧烈的哭闹等也可能诱发肠套叠。对于儿童来说，上呼吸道感染、肠痉挛等情况也可能与肠套叠的发生有关。在特殊人群中，如婴儿期的宝宝由于自身解剖和生理特点，相对更易受到上述因素影响而发生肠套叠；对于患有肠道基础疾病的儿童，其发生肠套叠的风险也高于正常儿童。
