宝宝肠套叠引起原因较为复杂，与解剖因素（婴儿期回盲部系膜未完全固定致活动度大，2岁以下尤其是4-10个月婴儿风险高）、饮食改变（添加辅食或换奶粉致肠道功能紊乱）、病毒感染（腺病毒、轮状病毒等感染致肠管蠕动紊乱）、肠痉挛及自主神经失调（肠道神经发育不完善、受惊吓等致肠道蠕动异常）、遗传因素（部分患儿有遗传易感性，家族有病史风险略高）有关。
解剖因素：婴儿期回盲部系膜尚未完全固定，活动度较大，这是肠套叠发生的解剖学基础。例如，婴儿的回盲部较松弛，当肠道蠕动发生紊乱时，容易导致肠管套入邻近肠管。一般2岁以下儿童，尤其是4-10个月的婴儿，发生肠套叠的风险相对较高，这与该阶段婴儿回盲部的解剖特点相关。
饮食改变：宝宝在添加辅食或更换奶粉等饮食结构发生变化时，肠道对食物的适应需要一个过程，可能引起肠道功能紊乱。比如，从单纯母乳喂养转为混合喂养或人工喂养，或者辅食添加种类、数量突然改变，都可能导致肠道蠕动节律失调，从而诱发肠套叠。
病毒感染：某些病毒感染可能会影响肠道的正常功能。例如，腺病毒、轮状病毒等感染肠道后，可引起肠管蠕动功能紊乱，进而增加肠套叠的发生风险。有研究表明，肠道病毒感染高发季节，宝宝肠套叠的发生率可能会有所上升。
肠痉挛及自主神经失调：宝宝的肠道神经系统发育尚不完善，容易出现肠痉挛。当肠痉挛发生时，肠道蠕动可能会出现异常，导致肠管部分套入相邻肠管。此外，自主神经失调也可能影响肠道的正常运动节律，引发肠套叠。比如，宝宝受到惊吓、环境温度变化等因素影响时，可能导致自主神经失调，增加肠套叠发生几率。
遗传因素：虽然遗传因素导致宝宝肠套叠的情况相对较少，但有研究发现，部分肠套叠患儿存在一定的遗传易感性。如果家族中有肠套叠病史，宝宝发生肠套叠的风险可能会比正常儿童略高，但这并不是绝对的，只是相对增加了患病的可能性。
