小儿肠套叠诱因包括解剖因素（婴儿期回盲部系膜未完全固定致活动度大易引发）、饮食改变（添加辅食时肠道适应变化致蠕动紊乱）、病毒感染（部分与肠道病毒感染有关，可致肠管局部淋巴结肿大压迫肠管）、遗传因素（有家族聚集性倾向，某些遗传基因异常可能致肠道结构或功能异常）、自主神经失调（小儿自主神经调节功能不完善易失调致肠道蠕动紊乱）。
解剖因素：婴儿期回盲部系膜尚未完全固定，活动度较大，这是容易发生肠套叠的解剖学基础。例如，婴儿时期回盲部系膜固定不完善，使得回盲部游动性增加，当肠道蠕动节律发生紊乱时，就容易导致肠套叠的发生。
饮食改变：小儿在添加辅食的阶段，肠道对食物的适应能力发生变化，如从母乳或配方奶喂养转为添加固体食物，肠道内环境改变，可能引起肠蠕动功能紊乱，从而诱发肠套叠。比如，当小儿突然由母乳喂养改为添加较多淀粉类食物时，肠道消化酶一时不能适应，容易导致肠道功能紊乱，增加肠套叠的发生风险。
病毒感染：部分小儿肠套叠与肠道病毒感染有关，病毒感染可引起肠管局部淋巴结肿大，压迫肠管导致肠套叠。研究表明，腺病毒、轮状病毒等感染可能影响肠道正常的蠕动和结构，进而诱发肠套叠。例如，轮状病毒感染引起的肠炎，可能导致肠道局部病理改变，使肠管容易发生套叠。
遗传因素：虽然遗传因素导致小儿肠套叠的具体机制尚不十分清晰，但有一定的家族聚集性倾向。部分研究发现，某些遗传基因的异常可能使小儿更容易发生肠套叠相关的肠道结构或功能异常。比如，家族中有过小儿肠套叠病史的，其后代发生肠套叠的概率可能相对较高，但具体的遗传方式和相关基因尚需进一步深入研究明确。
自主神经失调：小儿的自主神经调节功能尚未发育完善，容易出现自主神经失调，导致肠道蠕动紊乱，从而引发肠套叠。例如，小儿在受到惊吓、环境温度变化等因素影响时，可能引起自主神经功能紊乱，使肠道蠕动节律发生改变，增加肠套叠的发生几率。
