巧克力囊肿患者自然怀孕率低于正常女性，受囊肿大小与位置、子宫内膜异位范围、患者年龄及其他因素影响，轻度者自然怀孕率30%-50%，中重度者10%-30%左右甚至更低，尝试自然怀孕1年未成功应就医考虑辅助生殖技术，特殊人群需尽早评估生育情况制定个性化方案
影响巧克力囊肿自然怀孕率的因素
囊肿大小与位置：较大的巧克力囊肿可能会影响卵巢的正常排卵功能以及输卵管的拾卵、运输受精卵等功能。例如，当囊肿占据卵巢较大空间时，会干扰卵巢内正常卵泡的发育和排出；如果囊肿靠近输卵管，可能会影响输卵管与卵巢的正常解剖关系，进而影响卵子与精子的结合以及受精卵向宫腔的运输。
子宫内膜异位的范围：巧克力囊肿往往伴有盆腔内子宫内膜异位症的广泛存在，盆腔内环境的改变会影响精子的存活、卵子的拾取、受精卵的着床等多个环节。盆腔内的炎症反应、免疫环境的改变等都可能不利于受孕。比如，异位的内膜组织会释放一些炎性介质，改变盆腔内的微环境，影响受精卵的着床。
患者年龄：年龄是重要因素之一，随着年龄增长，女性的卵巢储备功能逐渐下降，卵子质量也会降低。对于患有巧克力囊肿的女性，年龄越大，自然怀孕的几率相对越低。一般来说，30岁左右患有巧克力囊肿的女性自然怀孕率可能在一定范围内，而35岁以上的女性，自然怀孕率会明显降低。
其他因素：同时，患者的整体健康状况、生活方式等也有一定影响。例如，长期吸烟、酗酒、过度劳累等不良生活方式可能会进一步降低自然怀孕的几率。
不同阶段巧克力囊肿的自然怀孕率大致情况
轻度巧克力囊肿：一般来说，轻度巧克力囊肿患者的自然怀孕率相对相对较高一些，可能在30%-50%左右，但这也不是绝对的，具体还会受到上述多种因素的综合影响。
中重度巧克力囊肿：中重度巧克力囊肿对生育功能的影响相对更明显，自然怀孕率会明显降低，可能在10%-30%左右甚至更低。
需要注意的是，巧克力囊肿患者如果尝试自然怀孕一段时间（一般建议1年左右，未避孕但未怀孕）仍未成功，应及时就医，考虑采取辅助生殖技术等手段来帮助怀孕。对于特殊人群，比如年龄较大的巧克力囊肿患者，更应尽早评估生育情况，必要时积极采取合适的助孕措施；对于存在其他基础疾病的巧克力囊肿患者，需要在治疗基础疾病的同时综合考虑生育问题，制定个性化的诊疗方案。
