小儿肠套叠通常不可以自愈。婴幼儿肠壁薄、血管细，对缺血的耐受性差，通常在发病6-12小时内即可出现肠黏膜坏死，24-48小时后可能进展为全层肠坏死。由于自愈机制无法解除机械性压迫，也无法恢复受损血管的血运，因此肠套叠一旦形成，无法通过自身修复恢复正常结构。
若肠套叠发生时间在48小时内，并且没有腹膜炎或肠坏死征象，可以采取空气灌肠复位疗法治疗，在X线或超声引导下，通过肛门向肠道内注入气体，利用压力将套叠的肠管推回原位。家长日常应避免对小儿的腹部进行按摩或热敷，以免加重肠管嵌顿或导致肠穿孔。
如果非手术治疗失败，病程超过48小时，怀疑小儿存在肠坏死或穿孔，可以采取肠套叠复位术、肠切除术等手术方法治疗，促进病情恢复。需要注意的是，手术前需禁食4-6小时，禁水2小时，避免肠道充盈加重套叠或引发呕吐误吸。
如果小儿出现持续剧烈哭闹、呕吐胆汁或粪渣样物、腹部膨隆、触痛明显、精神萎靡、嗜睡、皮肤苍白或发灰等表现，要尽快带其到医院的儿科就医。
