疱疹性咽峡炎主要由肠道病毒引起，肠道病毒可通过粪-口途径（如儿童接触被污染玩具后把手放进口中）、呼吸道飞沫传播（如人员聚集场所中患者咳嗽、打喷嚏产生的飞沫被周围人吸入）、接触传播（如与患者密切接触接触到其唾液、疱疹液等）引发该病，低龄儿童因卫生防护意识弱、免疫系统相对较弱、日常与家人接触密切且自我防护能力差等因素更易受影响。
粪-口途径：病毒可通过被污染的食物、水等经口进入人体。例如，儿童如果接触了被肠道病毒污染的玩具后又把手放进口中，就有可能感染病毒。在一些卫生条件较差、人群密集且缺乏良好手卫生习惯的环境中，这种传播方式较为容易发生，尤其对于低龄儿童来说，他们的卫生防护意识较弱，更容易通过粪-口途径感染肠道病毒从而引发疱疹性咽峡炎。
呼吸道飞沫传播：患者在咳嗽、打喷嚏时，会产生含有病毒的飞沫，周围人吸入这些飞沫后可能被感染。在幼儿园、学校等人员聚集的场所，这种呼吸道飞沫传播的风险较高。比如，一个患有疱疹性咽峡炎的儿童在教室里咳嗽，其周围的其他儿童吸入含有病毒的飞沫后，就有感染发病的可能。不同年龄人群都可能通过呼吸道飞沫感染，但儿童由于免疫系统相对较弱，相比成年人更容易受到影响。年龄较小的儿童，呼吸道黏膜屏障功能不完善，对病毒的抵御能力较差，所以在人员密集的环境中更易通过呼吸道飞沫途径感染肠道病毒引发疱疹性咽峡炎。
接触传播：直接接触患者的唾液、疱疹液等也可导致感染。比如，与疱疹性咽峡炎患者密切接触，如拥抱、亲吻等，就有可能接触到含有病毒的分泌物而被感染。在家庭环境中，如果家中有成员患有疱疹性咽峡炎，其他家庭成员尤其是儿童与之密切接触时，就面临感染风险。对于儿童来说，他们在生活中与家人接触频繁，若家人未做好防护，儿童就容易通过接触被污染的物品或分泌物而感染肠道病毒，引发疱疹性咽峡炎。不同年龄段的儿童都可能因接触传播患病，但低龄儿童由于日常与家人接触更密切，且自我防护能力差，相对更易发生接触感染。
