真菌性食道炎典型症状包括食管黏膜受真菌侵袭致吞咽困难（长期抗生素使用或免疫抑制人群易现，儿童哭闹拒食、成人有梗阻感）、食管黏膜炎症刺激神经末梢引起的胸骨后烧灼或隐痛（免疫低下者表现不典型）、食管蠕动功能紊乱致胃酸反流的反酸烧心（生活方式不健康及老年人群易发生）；非典型症状有反流物刺激咽喉气道导致的咳嗽哮喘（老年及有基础呼吸道病者易诱发）、长期吞咽困难致进食少能量不足的体重减轻（营养不良或体质弱者明显）、食管黏膜糜烂溃疡累及血管的消化道出血表现（有基础疾病者风险高）。
一、典型症状
1.吞咽困难：为真菌性食道炎常见症状，因食管黏膜受真菌侵袭后出现炎症、水肿，导致食管腔狭窄，进食固体或液体食物时均感吞咽不畅，儿童患者可表现为进食时哭闹、拒食，而成年患者多主诉进食时有梗阻感，此症状在有长期抗生素使用史或免疫抑制病史人群中更易出现。
2.胸骨后疼痛：多表现为烧灼样或隐痛，疼痛程度不一，系食管黏膜炎症刺激神经末梢所致，病程较长者因反复炎症刺激，疼痛可能呈持续性，性别差异不显著，但免疫低下人群（如糖尿病、艾滋病患者）因机体对疼痛的感知及耐受可能受影响，疼痛表现可能不典型。
3.反酸、烧心：由于食管蠕动功能紊乱，胃酸反流至食管，刺激食管黏膜引起，生活方式不健康（如长期高脂饮食、肥胖）人群发生概率相对较高，各年龄段均可出现，但老年人群因食管下括约肌功能减退，更易发生反酸、烧心。
二、非典型症状
1.咳嗽、哮喘：真菌性食道炎引起的反流物刺激咽喉及气道，可导致咳嗽、哮喘发作，老年人群因气道反应性增高、纤毛运动功能减退等因素，较其他人群更易被诱发此类症状，有基础呼吸道疾病史者症状可能加重。
2.体重减轻：长期吞咽困难致使进食减少，机体能量摄入不足，进而引起体重下降，在营养不良或原本体质较弱人群中更为明显，儿童患者可能出现生长发育迟缓等情况。
3.消化道出血表现：严重病例可出现呕血、黑便，系食管黏膜糜烂、溃疡累及血管所致，有基础疾病（如肝硬化、凝血功能障碍）人群发生消化道出血的风险更高，需重点关注此类人群的症状变化。
