阴茎过小可由先天性基因缺陷或发育异常如罕见综合征、胚胎期雄激素作用或靶器官反应异常引发，也可因胎儿期或青春期睾酮分泌不足（如先天性肾上腺皮质增生症、垂体病变致促性腺激素不足）、其他激素（生长激素、胰岛素样生长因子等）失衡干扰，还可因克氏综合征等染色体异常、肥胖致雌激素相对升高打破激素平衡，以及阴茎创伤手术、孕期接触致畸物等不良因素影响而导致。
一、先天性因素
阴茎的正常发育受遗传基因调控，若存在相关基因缺陷或发育异常，可能导致阴茎过小。例如，某些罕见的先天性阴茎发育不良综合征，如Prune-Belly综合征，可伴随泌尿系统等多系统发育异常，同时伴有阴茎形态异常及过小表现；部分患者因胚胎期雄激素作用不足或靶器官对雄激素反应异常，也会影响阴茎的正常生长发育。
二、内分泌因素
1.睾酮分泌不足：胎儿期或青春期是阴茎发育的关键时期，若此阶段体内睾酮分泌不足，会阻碍阴茎的正常生长。例如，先天性肾上腺皮质增生症患者，因肾上腺激素合成途径中相关酶缺陷，可导致睾酮合成减少，进而影响阴茎发育；垂体病变导致促性腺激素分泌不足，也会间接引起睾酮分泌减少，影响阴茎生长。
2.其他激素失衡：除睾酮外，生长激素、胰岛素样生长因子等也参与阴茎发育过程。若这些激素水平异常，也可能干扰阴茎的正常发育，导致阴茎过小。
三、染色体异常
克氏综合征（47，XXY）是常见的性染色体异常疾病，患者体内睾酮水平偏低，同时存在生精功能障碍，常伴随阴茎较小、睾丸发育不良等表现。此类染色体异常通过影响激素分泌及靶器官对激素的反应，从而导致阴茎发育异常。
四、肥胖相关因素
肥胖人群体内脂肪组织增多，脂肪细胞可将雄激素芳香化为雌激素，导致体内雌激素水平相对升高，雄激素与雌激素的平衡被打破，影响雄激素对阴茎发育的作用，进而可能引起阴茎过小。此外，肥胖还可能伴随代谢紊乱等问题，间接影响生殖系统的正常发育。
五、其他因素
1.创伤或手术影响：阴茎部位的严重创伤或不当手术操作，可能损伤阴茎海绵体等结构，影响阴茎的正常发育与形态，导致阴茎过小。
2.孕期不良因素：母亲在孕期接触某些致畸物质（如药物、化学毒物等）、感染某些病毒（如风疹病毒等）或患有糖尿病等疾病，可能影响胎儿阴茎的正常发育，增加出生后阴茎过小的风险。
