急性肾盂肾炎主要由病原体感染引起，最常见致病菌是大肠埃希菌，感染途径有上行感染（最主要，女性因生理结构等更易发生，特殊时期风险增加）、血行感染（少见，机体免疫力极低或有严重尿路梗阻者易发生）、淋巴道感染（罕见）、直接感染（少见），不同人群感染风险因素不同，不良生活方式及有泌尿系统相关病史者易增加发病风险。
上行感染：这是最主要的感染途径。病原菌由尿道上行入膀胱，引起膀胱炎，继而沿输尿管向上蔓延至肾脏，导致肾盂肾炎。女性由于尿道短而宽，且尿道口距肛门近，更易发生上行感染，尤其是性生活后、经期、更年期等特殊时期，女性发生上行感染的风险增加。比如，性生活时容易将尿道口周围的细菌挤入膀胱，从而引发感染；经期卫生不良，细菌也容易滋生并上行感染。
血行感染：较少见，多发生于机体免疫力极低或有严重尿路梗阻的患者。病原菌由体内其他部位的感染病灶经血运传播到肾脏引起肾盂肾炎。例如，皮肤感染、扁桃体炎、肺炎等感染病灶，病原菌可通过血液循环到达肾脏，引发肾盂肾炎。
淋巴道感染：非常罕见，盆腔和腹腔的感染可通过淋巴管感染肾脏。比如，患有盆腔炎时，病原菌可能通过淋巴管蔓延至肾脏，引起肾盂肾炎，但这种情况发生的概率极低。
直接感染：外伤或邻近肾脏的器官发生感染时，细菌可直接侵入肾脏引起肾盂肾炎，但这种情况较为少见。
对于不同年龄、性别的人群，感染的风险因素有所不同。女性由于生理结构特点更容易发生上行感染；儿童的泌尿系统发育尚不完善，也可能因上行感染等途径引发急性肾盂肾炎；老年人机体免疫力下降，且可能存在尿路梗阻等基础疾病，增加了感染的风险。生活方式方面，不注意个人卫生、长期憋尿等不良生活方式会增加急性肾盂肾炎的发生风险。有泌尿系统结石、前列腺增生等病史的患者，由于存在尿路梗阻，尿液引流不畅，病原菌容易在局部滋生，从而更易引发急性肾盂肾炎。
