慢性肾盂肾炎临床表现多样，包括泌尿系统表现和全身表现。泌尿系统表现有排尿异常（尿频、尿急、尿痛，尿液异常，一般为少量蛋白尿，有白细胞、红细胞及管型等，伴腰痛）；全身表现有间歇性低热或无明显发热，还有乏力、食欲不振等。
一、泌尿系统表现
1.排尿异常
尿频、尿急、尿痛：部分患者会出现这些膀胱刺激症状，但相较于急性肾盂肾炎，症状可能相对较轻。这是因为慢性肾盂肾炎导致肾脏功能受损，影响了尿液的浓缩等功能，长期的炎症刺激使尿路黏膜敏感性增加，从而出现尿频、尿急、尿痛等表现。在儿童中，可能会表现为排尿时哭闹等异常行为，这与儿童对排尿不适的表达能力相对有限有关，但本质上也是泌尿系统受刺激的一种反应。对于女性患者，由于生理结构的特点，更容易受到慢性肾盂肾炎的影响而出现排尿异常，这与女性尿道短、直，距离肛门较近等因素有关，使得细菌更容易侵入尿路。
尿液异常：可出现蛋白尿，一般为少量蛋白尿，24小时尿蛋白定量多在1g以下；尿液中可出现白细胞、红细胞，甚至可以见到白细胞管型、红细胞管型等。出现白细胞管型是慢性肾盂肾炎的一个较为特征性的表现，提示肾脏间质有炎症。例如通过尿液显微镜检查发现有较多的白细胞、红细胞以及管型等异常成分，这些都反映了肾脏和尿路的炎症状态。
2.腰痛：患者可出现腰部隐痛或酸痛，疼痛程度不一。肾脏位于腰部，当慢性肾盂肾炎导致肾脏结构和功能发生改变时，会引起腰部的不适感。炎症刺激肾脏包膜等结构，或者肾脏体积发生改变等情况都可能导致腰痛的出现。在一些病史较长的患者中，腰痛可能是较为常见的表现之一，不同年龄、性别患者的腰痛感受可能有所不同，但本质都是肾脏炎症相关的病理改变引起的。
二、全身表现
1.发热：部分患者可出现间歇性低热，体温一般在37.5℃-38.5℃之间，也有部分患者可无明显发热表现。这是因为慢性肾盂肾炎是一种慢性的炎症过程，机体的免疫反应相对较为持续但不是剧烈的全身炎症反应，所以发热多为低热或无明显发热。对于儿童患者，由于其体温调节中枢相对不完善，慢性肾盂肾炎引起的低热可能不太容易被察觉，需要密切监测体温变化。而老年患者由于机体反应性较低，也可能以低热或无发热为主要全身表现。
2.乏力、食欲不振：患者常感到全身乏力，体力下降，食欲减退。这是由于慢性疾病长期消耗机体能量，影响了患者的新陈代谢和营养物质的利用等。例如肾脏功能受损后，身体的代谢废物排泄受到影响，机体处于一种相对紊乱的状态，从而导致患者出现乏力、食欲不振等全身不适症状。不同年龄的患者可能因为身体的基础状况不同而表现出不同程度的乏力和食欲不振，比如年轻患者可能相对症状较轻，而老年患者由于基础健康状况可能更差，症状可能相对更明显。
