甲减会对心血管、消化、神经、内分泌生殖及肌肉骨骼等系统产生危害，如心血管系统会因血脂异常增加心血管疾病风险，消化系统会出现胃肠蠕动减慢等症状，神经系统会有记忆力减退等表现，内分泌生殖系统会影响女性月经和受孕、男性性功能等，肌肉骨骼系统会有肌肉乏力等情况，不同人群受影响程度不同。
一、对心血管系统的危害
甲减患者体内甲状腺激素水平降低，会影响脂质代谢，导致血脂异常，如血清总胆固醇、低密度脂蛋白胆固醇水平升高，高密度脂蛋白胆固醇水平降低，而血脂异常是动脉粥样硬化的重要危险因素，可增加冠心病、心肌梗死等心血管疾病的发生风险。研究表明，甲减患者患冠心病的几率较正常人显著升高，且甲减病情控制不佳时，这种风险会持续存在。对于老年甲减患者，本身心血管系统就存在一定的生理退变，甲减带来的血脂异常等影响会进一步加重心血管系统的负担，使心血管事件发生的可能性大幅提升。
二、对消化系统的危害
甲状腺激素对胃肠道的蠕动和消化液分泌有调节作用，甲减时胃肠蠕动减慢，患者常出现食欲减退、腹胀、便秘等症状。长期的消化不良可能导致营养吸收障碍，影响患者的整体营养状况。比如，患者可能因为长期便秘而出现腹部不适，进而影响进食意愿，导致营养摄入不足，进一步影响身体的各项机能恢复。对于儿童甲减患者，胃肠功能的异常会影响营养的正常摄取，从而阻碍其生长发育，因为儿童处于生长发育的关键时期，需要充足且均衡的营养供应。
三、对神经系统的危害
甲减会影响神经系统的功能，轻度甲减患者可能出现记忆力减退、注意力不集中等表现，严重时可出现嗜睡、精神抑郁、痴呆等情况。甲状腺激素缺乏会影响神经细胞的代谢和功能，导致神经传导速度减慢等。在老年甲减患者中，神经系统的危害可能更为明显，容易被误认为是衰老的正常表现而被忽视，从而延误治疗。儿童甲减患者若未及时治疗，神经系统发育会受到影响，可能出现智力发育迟缓等问题，因为甲状腺激素对儿童神经系统的正常发育至关重要，缺乏时会干扰神经细胞的增殖、分化和髓鞘形成等过程。
四、对内分泌系统及生殖系统的危害
对于女性甲减患者，甲状腺激素水平异常会影响下丘脑-垂体-卵巢轴的功能，导致月经紊乱，如月经量增多、经期延长或闭经等，进而影响受孕几率，增加不孕不育的发生风险。而且怀孕后，甲减未控制好还可能影响胎儿的神经系统发育等。男性甲减患者可能出现性功能减退、精子质量下降等问题。在老年人群中，内分泌系统本身就处于衰退状态，甲减会进一步打乱内分泌平衡，加重生殖系统相关的不良影响。对于儿童甲减患者，生殖系统尚未发育成熟，甲减带来的内分泌紊乱可能会对其未来的生殖功能产生潜在的不良影响。
五、对肌肉骨骼系统的危害
甲减患者常出现肌肉乏力、疼痛，肌肉松弛等表现，还可能伴有跟腱反射时间延长。长期甲减还可能导致黏液性水肿，累及骨骼肌肉系统，引起关节疼痛、活动受限等。在老年人中，肌肉骨骼系统本身就存在退行性变，甲减导致的肌肉骨骼症状会进一步影响其活动能力，降低生活质量，使老年人更容易出现跌倒等意外情况。儿童甲减患者肌肉骨骼的异常会影响其正常的运动发育，比如行走、奔跑等运动能力的发展可能会滞后于正常儿童。
