引发灰指甲的真菌包括皮肤癣菌，常见的红色毛癣菌等可致指甲增厚变色变形等且具传染性，非皮肤癣菌霉菌如青霉属等较少见但也损害指甲，酵母菌中白念珠菌等引起的灰指甲有累及甲周及指甲病变等自身特点。
一、皮肤癣菌
皮肤癣菌是引发灰指甲的主要真菌类型之一，其中常见的有红色毛癣菌、须癣毛癣菌、絮状表皮癣菌等。红色毛癣菌较为多见，它可导致慢性、顽固性的灰指甲，常常使指甲出现增厚、变色、变形等典型表现，该菌具有较强的传染性，易在人群中传播，尤其在卫生条件较差或密切接触的环境中更易感染。须癣毛癣菌引起的灰指甲也较为常见，会使指甲的正常结构遭到破坏，影响指甲的外观和功能。絮状表皮癣菌同样可侵袭指甲，引发相应的病变。
二、非皮肤癣菌霉菌
非皮肤癣菌霉菌包含青霉属、曲霉属、镰刀菌属等。这类真菌引起的灰指甲相对皮肤癣菌所致的情况较少见，但同样会对指甲造成损害。例如青霉属真菌可导致指甲出现颜色改变、质地变脆等病变；曲霉属真菌感染指甲后，也会使指甲的形态和结构发生异常变化；镰刀菌属真菌引起的灰指甲虽然发生率不高，但也会引起指甲的病理改变，其致病机制与对指甲组织的侵袭和破坏有关。
三、酵母菌
酵母菌中主要的致病菌有白念珠菌、光滑念珠菌等。酵母菌引起的灰指甲往往有其自身特点，比如可能累及甲周组织，导致甲周出现红肿、瘙痒等症状，同时指甲也会出现病变，如指甲表面不光滑、出现凹陷等。白念珠菌感染指甲时，常与局部潮湿、免疫功能低下等因素相关，而光滑念珠菌引起的灰指甲也会对指甲的健康产生不良影响，其感染过程会逐步破坏指甲的正常结构和功能。
