胚胎停止发育的原因包括胚胎染色体异常，母体全身性疾病（如严重感染、高热、严重贫血、心力衰竭、血栓性疾病等）、生殖器官异常（如子宫畸形、宫腔粘连）、内分泌异常（如黄体功能不全、甲状腺功能减退、糖尿病血糖控制不良）、免疫功能异常（自身免疫病攻击胚胎、同种免疫异常排斥）、不良生活方式（吸烟、酗酒、过量饮咖啡等），父亲精子染色体异常及环境过多接触放射线或化学毒物等。
一、胚胎因素
胚胎染色体异常是早期胚胎停止发育最常见的原因，约占50%~60%。染色体数目或结构异常可导致胚胎发育异常，无法正常存活，常见的染色体异常包括数目异常（如三体、单体等）和结构异常（如染色体易位、缺失等）。
二、母体因素
（一）全身性疾病
严重感染（如肺炎、伤寒等）、高热疾病可引起子宫收缩导致胎停；严重贫血或心力衰竭会影响胎盘供血供氧，阻碍胚胎发育；血栓性疾病使胎盘血管栓塞，也可引发胎停。
（二）生殖器官异常
子宫畸形（如单角子宫、双角子宫等）会影响胚胎着床及发育空间；宫腔粘连会减少宫腔容积，不利于胚胎生长。
（三）内分泌异常
黄体功能不全可导致孕激素分泌不足，无法维持妊娠；甲状腺功能减退时甲状腺激素水平低下，影响胚胎发育所需的代谢调节；糖尿病患者血糖控制不良时，高血糖环境不利于胚胎正常发育。
（四）免疫功能异常
自身免疫性疾病（如系统性红斑狼疮等）可产生自身抗体攻击胚胎；同种免疫异常时母体对胚胎的免疫耐受失衡，导致胚胎被排斥。
（五）不良生活方式
吸烟、酗酒、过量饮咖啡等不良生活方式，其中的有害物质会干扰胚胎正常发育进程，增加胎停风险。
三、父亲因素
精子染色体异常也可能导致胚胎发育异常，从而引发胎停，例如精子染色体数目或结构异常可传递给胚胎，影响其正常发育。
四、环境因素
过多接触放射线（如医疗辐射、工业辐射等）或化学毒物（如苯、甲醛等），这些有害物质会损伤胚胎细胞的遗传物质及正常代谢，增加胎停发生的几率。
