生化妊娠与胚胎染色体异常相关且高龄女性此概率高，母体子宫内膜容受性不佳、内分泌黄体不全或甲状腺异常、免疫自身抗体异常有关，长期吸烟酗酒等不良生活习惯及有多次流产史、子宫内膜异位症等病史易引发生化妊娠。
一、胚胎因素
胚胎染色体异常是导致生化妊娠的重要原因之一，约50%~60%的生化妊娠与胚胎染色体异常相关。随着女性年龄增长，卵子质量下降，染色体异常概率增加，尤其35岁以上高龄女性，胚胎染色体异常发生率显著升高，从而易出现生化妊娠。
二、母体因素
（一）子宫内膜容受性不佳
子宫内膜厚度不合适（过薄或过厚）、宫腔粘连等情况会影响子宫内膜容受性，使受精卵难以成功着床。例如，子宫内膜厚度低于7mm时，受精卵着床难度增大；宫腔粘连会破坏子宫内膜正常结构和功能，阻碍着床过程。
（二）内分泌因素
黄体功能不全较为常见，黄体分泌的孕酮不足，无法使子宫内膜发生正常转化以利于受精卵着床，从而增加生化妊娠风险。此外，甲状腺功能异常（如甲状腺功能减退）也可能干扰胚胎着床及发育相关的内分泌环境，提高生化妊娠发生率。
三、免疫因素
自身免疫异常可导致生化妊娠。例如，存在抗磷脂抗体等自身抗体时，抗体可影响胎盘血管形成及血液灌注，干扰受精卵着床和早期发育，进而引发生化妊娠。
四、生活方式因素
长期吸烟、酗酒等不良生活习惯会对生殖系统产生不良影响。吸烟可导致血管收缩，影响子宫内膜血流，不利于受精卵着床；酗酒会干扰激素水平和胚胎发育相关的代谢过程，增加生化妊娠发生的可能性。高龄女性怀孕时，由于卵子质量下降、身体机能逐渐衰退等原因，生化妊娠风险相对更高。
五、病史相关因素
有过多次流产史的女性，其子宫内膜可能受到损伤，宫腔环境改变，影响受精卵着床；患有子宫内膜异位症的女性，异位的内膜组织会干扰盆腔内环境，影响输卵管蠕动及子宫内膜容受性，从而增加生化妊娠的发生几率。
