新生儿肛门闭锁的发生与遗传因素、环境因素及胚胎发育异常有关。遗传因素包括单基因遗传和多基因遗传；环境因素有孕期感染、接触有害物质、不良生活方式；胚胎发育异常涉及泄殖腔分隔障碍和直肠发育异常。
一、遗传因素
1.单基因遗传：部分新生儿肛门闭锁与单基因遗传有关。某些特定的基因突变可能会影响胚胎发育过程中泄殖腔分隔等关键环节，从而导致肛门闭锁的发生。例如，有研究发现一些与胚胎发育相关的基因发生突变时，会干扰正常的肠道和肛门结构的形成。
2.多基因遗传：多基因遗传因素也可能参与其中。多个基因的协同作用以及环境因素的相互影响，可能增加新生儿出现肛门闭锁的风险。多个基因的微小变化累积起来，可能会影响胚胎的正常发育路径，使得肛门等结构的发育出现异常。
二、环境因素
1.孕期感染：孕期母亲受到某些病毒、细菌等感染可能会影响胎儿发育。例如，孕妇在孕期感染风疹病毒等，病毒可通过胎盘影响胚胎的正常分化和发育，干扰了与肛门发育相关的组织和器官的形成过程，增加新生儿肛门闭锁的发生几率。
2.孕期接触有害物质：孕期接触一些有害物质，如某些化学毒物、放射性物质等。这些有害物质可能会对胚胎细胞的DNA等造成损伤，影响细胞的正常分裂、分化和组织器官的构建，进而影响肛门的正常发育，导致肛门闭锁的出现。比如长期处于含有某些工业污染物的环境中的孕妇，其胎儿发生肛门闭锁的风险可能会升高。
3.孕期不良生活方式：孕期母亲吸烟、酗酒等不良生活方式也可能与新生儿肛门闭锁有关。吸烟产生的尼古丁等有害物质以及酗酒导致的酒精摄入，可能会通过影响胎盘的血液循环和营养物质供应，或者直接干扰胚胎的发育过程，使得肛门等结构发育异常。
三、胚胎发育异常
1.泄殖腔分隔障碍：在胚胎发育的早期，泄殖腔的正常分隔是形成正常肛门和尿道、阴道等结构的关键过程。如果泄殖腔分隔出现障碍，就会导致肛门、尿道和阴道等结构的发育异常，从而引发肛门闭锁等相关畸形。例如，正常情况下泄殖腔应被分隔为尿生殖窦和直肠两部分，若分隔失败，就会出现各种相关的先天性畸形包括肛门闭锁。
2.直肠发育异常：胚胎时期直肠的正常发育对于肛门的形成至关重要。如果直肠在发育过程中出现生长、分化等方面的异常，如直肠起始部位置异常、直肠与周围组织的连接异常等，都可能导致肛门闭锁的发生。比如直肠未能正常下降到正常位置，或者与周围组织粘连等情况，都会影响肛门的正常结构和功能。
