颅骨骨瘤具体引起原因尚未完全明确，一般认为可能与胚胎发育异常、外伤因素、遗传因素、生长发育相关因素有关，胚胎发育时组织发育异常、头部外伤后修复异常、存在家族遗传易感性、生长发育中骨代谢等异常都可能促使颅骨骨瘤形成。
胚胎发育异常：在胚胎发育时期，颅骨的骨缝间叶细胞等组织发育过程中出现异常分化等情况，可能导致颅骨骨瘤的形成。胚胎时期的一些基因表达调控异常等因素可能干扰了正常的颅骨组织发育，使得局部组织异常增殖形成骨瘤。例如，某些与骨组织发育相关的基因发生突变或表达异常，就可能影响颅骨的正常结构形成，进而促使骨瘤产生。
外伤因素：头部受到外伤后，局部的骨组织可能会出现修复性改变，在修复过程中可能出现异常的骨组织增生，从而形成骨瘤。不过，外伤是否一定会导致颅骨骨瘤的发生还不十分明确，但有研究发现头部曾有外伤史的人群中颅骨骨瘤的发生率可能相对有所变化。比如头部遭受较为严重的撞击等外伤后，局部骨组织在修复过程中细胞的增殖分化调控失衡，就可能导致异常的骨组织增生形成骨瘤。
遗传因素：有一定的遗传倾向，部分颅骨骨瘤患者可能存在家族遗传易感性。某些遗传性疾病或基因缺陷可能增加个体发生颅骨骨瘤的风险。如果家族中有亲属患有颅骨骨瘤，那么其他家族成员相对来说发生颅骨骨瘤的可能性会比一般人群高一些。例如，某些染色体异常或特定基因的遗传突变可能传递给后代，使得后代更容易出现颅骨骨瘤相关的病理改变。
生长发育相关因素：在个体生长发育过程中，尤其是青少年时期，颅骨处于不断生长发育的阶段，此时如果局部的骨代谢等出现异常，也可能引发颅骨骨瘤。青少年时期身体的激素水平、代谢状态等处于变化较为活跃的阶段，这些因素的波动可能影响颅骨的正常生长发育，导致局部骨组织异常增殖形成骨瘤。比如青少年时期生长激素等激素水平的变化，可能干扰了颅骨骨组织的正常代谢和生长，从而增加了颅骨骨瘤的发生几率。
