肠炎没有统一的最佳治疗方法，需根据病因、病情严重程度制定个体化方案。
感染性肠炎由细菌、病毒或寄生虫引起，细菌感染需针对性使用抗生素，如沙门菌感染用喹诺酮类药物；病毒感染多为自限性，以补液防脱水为主。非感染性肠炎如溃疡性结肠炎，需遵医嘱使用柳氮磺吡啶、美沙拉嗪、奥沙拉秦等氨基水杨酸制剂或泼尼松、甲泼尼龙、地塞米松等糖皮质激素控制炎症，抑制免疫过度反应。急性肠炎以对症治疗为主，腹泻严重时使用蒙脱石散保护肠黏膜，同时补充电解质避免电解质紊乱。
慢性肠炎治疗更注重长期管理，如克罗恩病需长期用药维持缓解，结合营养支持改善肠道功能。饮食调整贯穿始终，急性期选择清淡易消化食物，避免辛辣刺激；慢性期需根据肠道耐受情况补充膳食纤维或限制乳制品。治疗效果还与患者依从性相关，如按疗程用药、定期复查肠镜，才能有效控制复发。不存在适用于所有肠炎的通用疗法，精准针对病因和个体差异的治疗才是最有效的。
