儿童疱疹性咽峡炎临床过程含潜伏期（病毒定植，患儿多无明显特异症状）、急性期（发病急骤，突然发热且热程2-4天，咽峡部始现变化）、高峰期（发热持续，咽峡部疱疹及溃疡加重，疼痛显著，部分患儿可能高热惊厥）、缓解期（发热渐退，咽峡部疱疹干涸结痂、溃疡愈合，不适减轻，食欲恢复）、恢复期（体温正常，咽峡部溃疡完全愈合，精神等恢复病前水平，需逐步增活动量并保证营养摄入）。
一、潜伏期
此阶段一般持续1-2天，病毒开始侵入机体并在局部黏膜等部位定植，患儿多无明显特异性症状，可能仅表现为轻微精神稍差等，年龄较小儿童较难察觉此阶段变化，家长需留意其一般状态。
二、急性期
发病急骤，患儿突然出现发热，体温可高达39-40℃甚至更高，热程多为2-4天，同时咽峡部开始出现变化，可见咽部充血，软腭、悬雍垂、扁桃体等处出现灰白色疱疹，周围绕以红晕，此阶段患儿可能因发热出现哭闹、拒食等情况，不同年龄儿童表现有差异，年幼儿童常因口腔疼痛明显而频繁哭闹，较大儿童会诉说咽痛等。
三、高峰期
发热持续，咽峡部疱疹及溃疡情况加重，疼痛更为显著，患儿拒食情况明显，部分患儿可能因高热出现惊厥等情况，此阶段病毒在体内复制活跃，炎症反应较严重，年龄小儿童因体温调节中枢发育不完善，更易出现高热及相关并发症表现，需密切监测体温及一般状况。
四、缓解期
发热开始逐渐消退，咽峡部疱疹开始干涸、结痂，溃疡逐渐愈合，患儿咽痛等不适症状减轻，食欲逐渐恢复，此阶段机体启动免疫反应清除病毒，炎症逐步消退，不同年龄儿童恢复速度有别，年龄较小儿童恢复相对较慢但会逐步好转。
五、恢复期
体温完全恢复正常，咽峡部溃疡完全愈合，患儿精神状态、食欲等恢复至病前水平，此阶段机体基本恢复健康，不同年龄儿童恢复后需逐步增加活动量等，以完全恢复体力和免疫力，需注意此期仍要保证营养摄入等促进彻底康复。
