小儿肠套叠成因复杂，与解剖因素（婴儿回盲部系膜未完全固定致肠管易改变位置）、饮食改变（饮食突然变化致肠道功能紊乱）、病毒感染（如轮状病毒感染致肠道病理改变）、遗传因素（部分患儿有遗传易感性）、肠道蠕动异常（剧烈哭闹等致蠕动紊乱引发）等有关。
解剖因素：婴儿时期回盲部系膜尚未完全固定，活动度较大，这是导致小儿肠套叠发生的一个重要解剖学基础。例如，在婴儿生长发育过程中，回盲部的这种相对不固定状态使得肠管容易发生位置改变，增加了肠套叠的发生风险。
饮食改变：当婴儿的饮食发生突然变化时，比如从母乳喂养转为人工喂养，或者添加新的辅食等，肠道对食物的适应需要一个过程，可能会引起肠道功能紊乱，从而诱发肠套叠。例如，添加新的辅食后，肠道内环境改变，可能导致肠管蠕动节律发生异常，进而引发肠套叠。
病毒感染：某些病毒感染可能会影响肠道的正常功能，导致肠套叠发生。研究表明，轮状病毒等感染可能引起远端小肠淋巴组织增生，局部肠管增厚甚至形成肠息肉样隆起突入肠腔，成为肠套叠的起点。比如轮状病毒感染后，肠道局部的病理改变会破坏肠道的正常结构和功能，增加肠套叠的发生几率。
遗传因素：虽然遗传因素在小儿肠套叠发病中所占比例相对较小，但部分患儿可能存在遗传易感性。有家族史的小儿相对普通人群发生肠套叠的风险可能会略有升高。例如，若家族中有过小儿肠套叠的病例，那么其亲属中的小儿患肠套叠的可能性要比没有家族史的小儿相对高一些，但这并不是绝对的，只是存在一定的遗传倾向。
肠道蠕动异常：小儿肠道蠕动如果出现紊乱，比如蠕动节律不规则、强度异常等，都可能引发肠套叠。比如孩子在剧烈哭闹、腹部受到刺激等情况下，肠道蠕动可能会发生紊乱，导致一段肠管套入相邻的肠管内，形成肠套叠。
