鼠疫潜伏期因感染途径不同有差异，腺鼠疫一般2-5天，儿童感染后病情可能进展快，成人不良生活方式影响个体差异；肺鼠疫原发性多1-3天个别数小时，继发性依原发疾病，基础病史、特殊生理时期影响微小；败血型鼠疫可短至数小时长至2-3天，儿童、老年人、慢性病者潜伏期因自身状况有不同。
腺鼠疫：潜伏期一般为2-5天。接触部位的蚤叮咬或皮肤接触病菌后，病菌首先在局部淋巴结繁殖，导致淋巴结炎，从而出现相应症状。对于儿童来说，由于其免疫系统发育尚不完善，感染后潜伏期可能相对成人稍有不同，但总体仍在2-5天左右的范围波动，且儿童感染后病情可能进展较快，需密切关注。成人若有不良生活方式，如接触鼠疫源环境等，也可能影响潜伏期的个体差异，但主要还是遵循2-5天的大致范围。
肺鼠疫：包括原发性肺鼠疫和继发性肺鼠疫，原发性肺鼠疫的潜伏期较短，多为1-3天，个别病例可短至数小时；继发性肺鼠疫是由腺鼠疫等其他型鼠疫继发而来，潜伏期则根据原发疾病的发展情况而定，但一般也在数天内。对于有基础病史的人群，如本身有肺部基础疾病者感染鼠疫耶尔森菌后，肺鼠疫的潜伏期可能会受到基础疾病的影响，导致潜伏期可能出现一定变化，但总体还是在上述范围附近。女性在特殊生理时期，如孕期等，感染鼠疫后肺鼠疫的潜伏期可能因身体免疫状态等因素有微小差异，但基本不超出1-3天左右的范围。
败血型鼠疫：潜伏期可短至数小时，长至2-3天。此型鼠疫病情凶险，病菌进入血液后迅速播散全身，引发全身中毒症状等。儿童、老年人以及有慢性病史者感染败血型鼠疫时，潜伏期可能会因为身体的整体健康状况、免疫力等因素有所不同，儿童可能因免疫功能相对较弱，潜伏期可能更接近数小时的短潜伏期情况，而老年人或有慢性病史者可能因基础健康问题，潜伏期在2-3天左右波动，但总体都较短。
