紧急避孕药有胃肠道反应、月经紊乱、点滴出血、头晕乏力、乳房胀痛等常见副作用，青少年、有基础疾病的女性、哺乳期女性等特殊人群使用需注意，青少年应尽量避免首用紧急避孕药，有基础疾病女性需遵医嘱，哺乳期女性一般不建议用紧急避孕药。
月经紊乱：可导致月经周期改变，如月经提前或推迟。一般来说，服用紧急避孕药后约15%-20%的女性会出现月经周期的波动。对于有基础月经不调病史的女性，服用紧急避孕药后月经紊乱的情况可能更易发生；年轻女性相对而言，身体对激素变化的适应能力可能稍弱，月经紊乱的概率可能相对稍高一些。月经推迟超过1周时，需排除妊娠可能。
点滴出血：服药后可能出现少量阴道出血，发生率约为5%-10%。其发生机制与药物引起的激素水平短暂波动有关。不同年龄女性出现点滴出血的情况可能无明显差异，但有妇科疾病病史的女性可能因自身生殖道环境特殊，更易出现此类情况。
头晕、乏力：少数人会有头晕、乏力的感觉，发生率较低，约1%-3%。这可能是药物影响了神经系统的暂时平衡所致。年龄较大的女性可能对这种轻微的神经系统影响更敏感，生活方式上，如果本身就有疲劳状态，服用后可能会加重头晕、乏力的感觉。
乳房胀痛：约5%-10%的女性会出现乳房胀痛，是由于药物影响了体内激素水平，导致乳腺组织受到一定影响。有乳腺增生病史的女性，服用紧急避孕药后乳房胀痛的可能性相对更高，不同性别中主要是女性会出现此副作用，但男性一般不会有。
特殊人群需注意的情况
青少年：青少年处于生长发育阶段，激素调节系统尚未完全稳定，服用紧急避孕药后出现副作用的风险可能相对更高，且长期或频繁使用可能对生殖内分泌系统发育产生潜在不良影响，所以应尽量避免无保护性行为后首先选择紧急避孕药，可优先采用非药物的避孕方法，如正确使用避孕套等。
有基础疾病的女性：患有肝脏疾病的女性，由于肝脏是药物代谢的主要器官，服用紧急避孕药可能加重肝脏负担，影响肝功能；有心血管疾病病史的女性，紧急避孕药中的激素可能对心血管系统产生一定影响，如导致血压短暂波动等，需谨慎使用；有妇科疾病（如子宫肌瘤、子宫内膜异位症等）的女性，服用紧急避孕药后可能影响原有疾病的病情，需在医生评估下决定是否使用。
哺乳期女性：哺乳期女性服用紧急避孕药后，药物可通过乳汁传递给婴儿，可能对婴儿的生长发育产生未知影响，一般不建议哺乳期女性使用紧急避孕药，可选择其他相对安全的避孕方式，如使用避孕套等。
