肾错构瘤成因未完全明确，可能与遗传因素有关，约半数以上患者存结节性硬化症相关基因突变，还有特定基因位点影响；细胞发育异常致胚胎期肾脏相关组织异常增生混合成瘤；激素水平因素中，女性与雌激素、男性与雄激素可能影响其发生发展；不良生活方式如吸烟酗酒可能间接增加发病风险；某些肾脏或全身性疾病也可能与之有关联。
遗传因素
结节性硬化症相关：约半数以上肾错构瘤患者存在结节性硬化症（TSC）相关的基因突变，TSC是一种常染色体显性遗传性疾病，其致病基因主要为TSC1和TSC2。当这些基因发生突变时，会影响细胞的正常生长和分化调控，进而导致肾错构瘤的发生。例如，有家族性肾错构瘤病史的人群，由于遗传了突变的致病基因，其发生肾错构瘤的风险明显高于普通人群。
特定基因位点影响：除了TSC相关基因外，其他一些基因位点的变化也可能与肾错构瘤的遗传易感性有关，但具体的基因-表型关联仍在进一步研究中。
细胞发育异常
在胚胎发育过程中，肾脏的血管、平滑肌和脂肪组织的发育调控出现异常，导致这三种组织在肾脏内异常增生并混合形成错构瘤。这种胚胎发育阶段的细胞发育异常可能是由于多种因素干扰了正常的胚胎发育信号通路，使得相关细胞的增殖和分化失去正常的调控，从而逐渐形成肾错构瘤。
激素水平因素
雌激素相关：有研究发现，女性肾错构瘤患者相对较多，且可能与体内雌激素水平变化有关。雌激素可能通过影响肾脏局部细胞的生长因子表达等途径，促进肾错构瘤相关细胞的增殖。例如，在青春期、孕期等雌激素水平较高的阶段，女性肾错构瘤的发病或病情变化可能会受到一定影响。不过，具体的作用机制还需要更多深入研究来明确。
雄激素相关：虽然男性肾错构瘤患者相对女性较少，但雄激素也可能在一定程度上影响肾错构瘤的发生发展，不过其具体作用机制相比雌激素更为复杂，还有待进一步探索。
其他因素
不良生活方式：长期的吸烟、酗酒等不良生活方式可能会对机体的代谢和内分泌等功能产生影响，虽然目前没有直接证据表明其是肾错构瘤的直接致病因素，但可能通过间接影响机体的内环境稳定，增加肾错构瘤的发病风险。例如，吸烟会导致机体氧化应激增加，可能干扰细胞的正常代谢和基因表达，从而为肾错构瘤的发生创造一定条件。
其他疾病影响：某些肾脏相关疾病或全身性疾病可能与肾错构瘤的发生存在一定关联，但目前相关研究还不够充分。例如，一些肾脏的慢性炎症性疾病，可能通过慢性炎症刺激等机制，影响肾脏细胞的生长状态，增加肾错构瘤的发生几率，但具体的关联机制还需要进一步阐明。
