胃肠功能紊乱由多种因素共同作用引起，包括不合理饮食、长期不良情绪、胃肠道感染、药物副作用、遗传因素以及环境改变、慢性疾病等，不同年龄段人群因自身特点受这些因素影响出现胃肠功能紊乱的情况各有不同，如儿童易因饮食、感染等，老年人易因慢性疾病、药物等。
饮食因素：不合理的饮食是常见诱因。长期暴饮暴食，会加重胃肠消化负担，影响胃肠正常蠕动和消化功能；过度食用辛辣、油腻、刺激性食物，如辣椒、油炸食品等，会直接刺激胃肠黏膜，破坏胃肠黏膜的屏障功能，导致胃肠功能紊乱；长期饮酒也会损伤胃肠黏膜，干扰胃肠的正常生理功能。例如，有研究发现，长期高油高脂饮食的人群，胃肠功能紊乱的发生率明显高于饮食清淡的人群。不同年龄段人群饮食结构不同，儿童若过多食用零食，可能影响正餐食欲，导致胃肠功能紊乱；老年人胃肠功能本身有所减退，若饮食不注意，更容易出现此类问题。
心理因素：长期的精神紧张、焦虑、抑郁等不良情绪会通过神经内分泌系统影响胃肠功能。当人处于紧张状态时，交感神经兴奋，会抑制胃肠蠕动和消化液分泌，进而引起胃肠功能紊乱。比如，一些面临工作压力大、考试等情况的人群，容易出现胃肠不适症状。不同性别在心理承受能力和情绪表达方式上有差异，女性相对更易受情绪影响出现胃肠功能紊乱；不同年龄阶段，青少年可能因学习压力、社交问题等产生不良情绪，老年人可能因生活事件变化等出现情绪问题从而影响胃肠功能。
胃肠道感染：病毒、细菌等病原体感染胃肠道后，会引起胃肠黏膜的炎症反应，损伤胃肠的正常功能。例如，诺如病毒、大肠杆菌等感染后，可导致腹痛、腹泻、恶心、呕吐等胃肠功能紊乱的表现。儿童由于免疫系统发育不完善，更容易发生胃肠道感染，从而引发胃肠功能紊乱；老年人胃肠功能较弱，感染后恢复相对较慢，胃肠功能紊乱的持续时间可能更长。
药物因素：某些药物的副作用可能会导致胃肠功能紊乱。比如，非甾体类抗炎药（如阿司匹林）会抑制胃肠黏膜前列腺素的合成，削弱胃肠黏膜的保护作用，引起胃肠道不适；抗生素的长期或不规范使用可能会破坏胃肠道的正常菌群平衡，导致胃肠功能紊乱。不同年龄人群对药物的耐受性和反应不同，儿童使用某些药物时更需谨慎，老年人由于肝肾功能减退，药物代谢能力下降，更容易因药物引起胃肠功能紊乱。
遗传因素：部分胃肠功能紊乱可能与遗传有关，某些遗传因素会使个体更容易出现胃肠功能的异常。例如，有家族史的人群相对来说患胃肠功能紊乱的风险可能会高于无家族史的人群，但具体的遗传机制还在进一步研究中。不同遗传背景的人群，其胃肠功能紊乱的易感性存在差异。
其他因素：环境的突然改变，如从一个地方到另一个地方生活，气候、生活习惯等变化可能会影响胃肠功能，导致胃肠功能紊乱；此外，一些慢性疾病，如甲状腺功能亢进或减退、糖尿病等，也可能累及胃肠道，引起胃肠功能紊乱。老年人本身合并多种慢性疾病的概率较高，因此更易因慢性疾病影响出现胃肠功能紊乱；儿童如果有先天性的一些疾病，也可能导致胃肠功能紊乱的发生。
