在临床上没有表明胃肠功能紊乱吃什么药最有效，胃肠功能紊乱的患者可以遵医嘱使用调节胃肠动力药物、助消化药物、益生菌、抗抑郁和抗焦虑药物、止泻药、通便药等。
1.调节胃肠动力药物
对于胃肠动力不足、消化不良引起的胃肠功能紊乱，可使用促胃肠动力药，如多潘立酮、莫沙必利等，促进胃肠蠕动，改善腹胀、早饱等症状；而对于胃肠动力亢进、易腹泻的情况，曲美布汀可以调节胃肠运动节律，缓解腹痛、腹泻等不适。
2.助消化药物
消化酶制剂，如复方消化酶、米曲菌胰酶片等，能补充消化酶，促进食物的消化和吸收，适用于消化功能减退、食欲不振的患者。
3.益生菌
双歧杆菌、嗜酸乳杆菌等益生菌可调节肠道菌群平衡，增强肠道屏障功能，改善腹泻、便秘等肠道功能紊乱症状，尤其适用于因肠道菌群失调引起的胃肠功能紊乱。
4.抗抑郁、抗焦虑药物
胃肠功能紊乱与精神心理因素密切相关，对于伴有明显精神症状如焦虑、抑郁的患者，可使用抗抑郁、抗焦虑药物，如氟西汀、帕罗西汀等，缓解精神症状的同时，也有助于改善胃肠功能。
5.止泻药
对于腹泻症状严重的患者，可适当使用止泻药物，如蒙脱石散，它能吸附肠道内的毒素和水分，起到止泻作用；洛哌丁胺可抑制肠道蠕动，减少排便次数。
6.通便药
对于便秘型胃肠功能紊乱患者，可使用容积性泻药如聚乙二醇、渗透性泻药如乳果糖等，增加粪便体积，促进排便。
另外，患者应保持适量的运动，如散步、慢跑、瑜伽等。运动不仅有助于改善胃肠功能，还能缓解精神压力，对伴有精神症状的胃肠功能紊乱患者尤为重要。在用药期间，运动不会影响药物的疗效，但要注意避免在饭后立即进行剧烈运动。
