男性尖锐湿疣复发的原因包括病毒清除不彻底、性行为因素、机体免疫力低下、局部环境因素、再次接触传染源，如治疗未除尽潜伏病毒、治愈后无保护性行为致再次感染、免疫力低下易让病毒趁虚而入、局部潮湿温暖等环境利于病毒繁殖生长、接触被HPV污染物品可再感染。
一、病毒清除不彻底
男性感染人乳头瘤病毒（HPV）后引发尖锐湿疣，若治疗时仅去除可见疣体，而未将潜伏在皮肤黏膜细胞内的病毒完全清除，就极易导致复发。HPV可潜伏在基底层细胞等部位，当机体免疫力下降等情况出现时，病毒便会重新活跃增殖，进而再次长出疣体。例如，有研究表明，约有30%-50%的患者在初次治疗后存在病毒持续潜伏的情况，为复发埋下隐患。
二、性行为因素
男性在治愈后若再次发生无保护的性行为，且性伴侣感染了HPV，就会通过性接触再次感染病毒，从而引起尖锐湿疣复发。因为HPV主要通过性传播，即使自身经过治疗，再次接触到病毒仍可能被感染。而且，频繁的性行为会使生殖器官局部处于较为脆弱的状态，也增加了病毒侵入和复发的风险。比如，有统计显示，在尖锐湿疣治愈后3个月内有性行为的患者，复发率明显高于长时间避免性行为的患者。
三、机体免疫力低下
男性自身免疫力低下时，如患有免疫缺陷疾病（如艾滋病）、长期使用免疫抑制剂、过度劳累、营养不良等情况，机体对HPV的清除能力减弱，病毒就容易趁虚而入导致复发。例如，艾滋病患者由于免疫系统严重受损，其尖锐湿疣的复发率远高于健康人群。长期熬夜、缺乏运动、饮食不均衡等不良生活方式会使机体免疫力下降，也是导致复发的常见因素。有研究发现，长期熬夜的男性比作息规律的男性尖锐湿疣复发概率高出约20%。
四、局部环境因素
男性生殖器官局部的潮湿、温暖环境有利于HPV的生长繁殖，这也会增加尖锐湿疣复发的可能性。比如，包皮过长、不注意局部清洁卫生等情况，会使局部环境潮湿，为病毒提供了适宜的生存条件。另外，局部皮肤破损等情况也可能影响机体对病毒的防御能力，从而促使复发。例如，有包皮过长的男性，其尖锐湿疣复发率相对更高，因为过长的包皮容易藏污纳垢，造成局部环境不利于康复且易再次感染病毒。
五、再次接触传染源
如果男性治愈后再次接触到被HPV污染的物品，如公共浴池、浴巾、马桶等，也可能再次感染HPV引发尖锐湿疣复发。尤其是在公共场所，接触到带有病毒的物品后，病毒可能通过皮肤黏膜的微小破损侵入人体导致发病。例如，在公共浴室使用了被污染的毛巾等物品，就有可能感染HPV而复发。
