肝内胆管结石有无症状期和有症状期，无症状期部分患者体检时发现；有症状期可出现腹痛（右上腹或上腹痛，与进食高脂食物有关）、黄疸（胆管梗阻致皮肤巩膜黄染等）、发热（胆管梗阻合并感染致低热至高热）、消化道症状（恶心、呕吐、食欲减退等）、肝区不适（肝区隐痛或闷胀感）。
部分患者在疾病早期可能没有明显症状，多在体检时通过B超等影像学检查发现肝内胆管结石。这是因为结石较小且未引起胆管梗阻或感染等情况，对肝脏功能和胆道系统的影响尚未体现出来。对于一些生活方式较为规律、身体基础状况较好的人群，比如平时饮食均衡、没有长期吸烟饮酒等不良生活习惯的人，可能在较长时间内都处于无症状阶段。
有症状期
腹痛：
是较为常见的症状。疼痛部位多在右上腹或上腹部，疼痛性质多样，可为隐痛、胀痛或绞痛。疼痛发作可能与进食尤其是进食高脂食物后有关，因为高脂食物会刺激胆囊收缩，若胆管存在结石，可能导致胆管梗阻或痉挛而引发疼痛。例如，长期高脂饮食的人群，患肝内胆管结石后更易出现因进食高脂食物诱发的腹痛。疼痛程度和频率因人而异，有的患者可能偶尔发作，有的则频繁发作。
黄疸：
当结石引起胆管梗阻时可出现黄疸。表现为皮肤和巩膜发黄，尿液颜色加深，呈浓茶色，粪便颜色变浅。这是由于胆管梗阻后，胆汁排泄受阻，胆红素反流入血所致。不同年龄阶段的人群表现可能略有不同，儿童患者可能黄疸表现相对不典型，但也会出现皮肤轻度发黄等情况。对于有基础肝病或其他影响胆红素代谢疾病的人群，黄疸症状可能会被掩盖或加重病情判断的复杂性。
发热：
多因胆管梗阻合并感染引起。体温可升高，一般为低热至中度发热，若感染严重可出现高热。感染的发生与结石导致胆管内细菌滋生有关，比如肠道细菌可通过胆管开口逆行进入胆管引发感染。在一些免疫力较低的人群中，如老年人、患有糖尿病等基础疾病的人群，更容易发生胆管感染并出现发热症状，且发热可能持续时间较长，不易控制。
消化道症状：
可表现为恶心、呕吐、食欲减退等。这是因为胆道疾病会影响消化功能，胆汁分泌和排泄异常，进而影响食物的消化和吸收。对于儿童患者，可能会出现厌食、哭闹等情况，影响其正常生长发育。而对于长期有消化不良症状但未明确病因的人群，若发现有肝内胆管结石，需考虑消化道症状与结石的关系。
肝区不适：
患者可感觉肝区有隐痛或闷胀感。这与结石对肝脏局部的刺激以及胆管梗阻引起的肝脏内环境变化有关。不同性别患者的感受可能无明显差异，但女性在生理期等特殊时期，身体的敏感性可能会使肝区不适的感觉略有不同。对于有长期劳累、熬夜等不良生活方式的人群，肝区不适可能会加重。
