胎儿先天性心脏病的发生与遗传因素、环境因素及其他因素有关。遗传因素包括染色体异常、基因突变等，高龄父母、不良生活方式等也有影响；环境因素有母体感染风疹病毒等、患糖尿病等疾病、不合理用药、不良生活习惯等；其他因素包括早产、宫内缺氧等。
年龄、性别及生活方式影响：高龄父母（母亲年龄≥35岁，父亲年龄≥40岁）生育的胎儿患染色体异常相关先天性心脏病的风险升高。性别方面，部分先天性心脏病在不同性别中的发病风险有差异，但遗传因素导致的发病机制与性别关联相对不突出于其他因素。父母长期接触辐射、化学毒物等不良生活方式相关因素，可能增加生殖细胞基因突变概率，进而影响胎儿遗传物质，增加先天性心脏病发生风险。
环境因素
母体感染：母亲在妊娠早期感染风疹病毒、巨细胞病毒、流感病毒等。以风疹病毒为例，妊娠早期（尤其是妊娠前3个月）感染风疹病毒，胎儿患先天性心脏病的概率可高达50%以上。病毒可通过胎盘影响胎儿心脏发育，干扰心脏正常的胚胎形成和分化过程。
母体疾病：母亲患有糖尿病，尤其是未控制良好的糖尿病，妊娠早期高血糖环境会影响胎儿心脏发育，增加动脉导管未闭、室间隔缺损等先天性心脏病的发生风险。患有系统性红斑狼疮等自身免疫性疾病的母亲，体内的自身抗体可能通过胎盘影响胎儿心血管系统发育。
药物因素：母亲在妊娠期间不合理使用某些药物，如孕妇服用四环素类药物，可能影响胎儿骨骼和牙齿发育，同时也与先天性心脏病的发生存在关联；抗癌药物等也可能对胎儿心脏发育产生不良影响。
不良生活习惯：母亲吸烟、酗酒，吸烟产生的尼古丁等有害物质可通过胎盘影响胎儿血液循环和心脏发育；酗酒导致胎儿酒精综合征，其中心血管系统异常是重要表现之一，可出现心脏间隔缺损等多种先天性心脏病表现。
其他因素
早产：早产儿各器官系统发育尚未成熟，包括心血管系统，心脏结构和功能发育不完善，发生先天性心脏病的概率高于足月儿。极低出生体重儿（出生体重＜1500g）先天性心脏病的发生率明显升高，可能与早产导致的心脏发育关键阶段受到影响有关。
宫内缺氧：母亲患有严重贫血、心肺疾病等，导致胎盘血液循环障碍，胎儿在宫内长期处于缺氧状态，会影响心脏的正常发育，增加先天性心脏病的发生风险。例如，母亲慢性阻塞性肺疾病发作时，胎儿血氧供应不足，干扰心脏的胚胎形成过程。
