肾错构瘤发病原因尚未完全明确，可能与遗传因素有关，约半数以上患者合并结节性硬化症，其相关基因突变致mTOR信号通路异常激活；细胞内mTOR信号通路异常会促使细胞增生形成肿瘤；激素水平影响方面，有研究认为与雌激素有关但机制不明；还可能受环境因素影响，且年龄和性别也可能间接参与其发生发展，多见于40岁以上人群，女性发病略多。
遗传因素
结节性硬化症相关：约半数以上肾错构瘤患者合并结节性硬化症（TSC），这是一种常染色体显性遗传性疾病。TSC相关基因TSC1（位于9号染色体）和TSC2（位于16号染色体）发生突变，导致细胞内的mTOR信号通路异常激活，进而影响细胞的生长、增殖和分化，使得肾脏等器官出现错构瘤样病变。结节性硬化症患者中肾错构瘤的发生率较高，有家族史的人群患肾错构瘤的风险相对增加。
细胞内信号通路异常
mTOR信号通路：mTOR（哺乳动物雷帕霉素靶蛋白）信号通路在细胞生长、增殖、代谢等过程中起重要调节作用。当该通路异常时，会导致细胞不受控制地增生。在肾错构瘤的发生发展中，mTOR信号通路的激活可能促使血管、平滑肌和脂肪组织的异常增殖，从而形成肾错构瘤。例如，TSC基因编码的蛋白是mTOR信号通路的负向调节因子，TSC基因突变会使mTOR信号通路过度激活，引发相关病变。
激素水平影响
雌激素相关：有研究发现，肾错构瘤的发生可能与雌激素水平有关。女性患者相对较多，尤其是在一些雌激素水平波动较大的时期，如青春期、妊娠期等，肾错构瘤的发生或发展可能受到一定影响。但具体的作用机制尚不完全清楚，可能是雌激素通过与肿瘤细胞上的雌激素受体结合，影响细胞的生长和代谢，从而参与肾错构瘤的形成。不过，这一观点还需要更多的临床研究来进一步证实。
其他因素
环境因素：长期接触某些化学物质、辐射等环境因素可能对肾脏细胞的遗传物质和正常生理功能产生影响，增加肾错构瘤的发生风险，但目前相关的研究证据还相对有限，需要进一步深入探索环境因素与肾错构瘤发病之间的具体关联机制。
年龄和性别因素：肾错构瘤可发生于不同年龄段，多见于40岁以上人群，但近年来也有年轻化的趋势。性别方面，女性发病略多于男性。年龄和性别可能通过影响体内的激素水平、细胞代谢等多种生理过程，间接参与肾错构瘤的发生发展。例如，随着年龄增长，身体的各项机能逐渐衰退，细胞的修复和调节能力下降，可能更容易出现细胞异常增生形成肿瘤；女性的内分泌系统相对复杂，激素水平的波动可能对肾脏细胞的影响更为明显。
