脑干堵塞会引发多种严重后果，包括意识障碍（轻者嗜睡、重者昏迷，儿童表现更复杂且恢复具不确定性）、呼吸功能障碍（出现呼吸节律频率异常，婴幼儿呼吸功能脆弱易危及生命）、心血管功能异常（导致血压波动、心率改变，老年人群易加重心脏负担）、运动障碍（引起偏瘫、四肢瘫，儿童运动发育受严重影响需早期康复干预）、颅神经功能受损（累及相应颅神经出现如动眼神经、面神经受损等表现，不同年龄人群影响不同）、体温调节紊乱（出现发热或低体温，新生儿等体温调节差者影响更严重）。
呼吸功能障碍
脑干中有呼吸中枢相关结构，如延髓的呼吸中枢等，脑干堵塞可直接影响呼吸中枢的正常功能，导致呼吸节律和频率异常。可能出现呼吸浅慢、潮式呼吸（呼吸由浅慢逐渐变为深快，然后再由深快转为浅慢，随之出现一段呼吸暂停后，又开始如上变化的周期性呼吸）、抽泣样呼吸（表现为不规则的、群集的、抽泣样的呼吸动作）等。对于婴幼儿，其呼吸功能本身相对脆弱，脑干堵塞引发的呼吸功能障碍可能迅速危及生命，需立即进行呼吸支持等紧急处理。
心血管功能异常
脑干内存在调节心血管活动的中枢区域，脑干堵塞可导致心血管功能紊乱，出现血压波动，可能表现为血压升高或降低。同时，还可能影响心率，出现心率加快或减慢等情况。在老年人群中，本身心血管系统功能就相对较弱，脑干堵塞引发的心血管功能异常可能会进一步加重心脏负担，增加心力衰竭等并发症的发生风险。
运动障碍
脑干内有传导束等结构，影响肢体运动的传导通路经过脑干，脑干堵塞可导致肢体运动障碍，表现为偏瘫（一侧肢体运动无力或完全不能运动）、四肢瘫（双上肢和双下肢运动障碍）等。儿童发生脑干堵塞出现运动障碍时，会严重影响其运动发育，可能导致运动功能落后于同龄儿童，需要早期进行康复干预，但要注意儿童康复的特殊性和安全性。
颅神经功能受损
脑干表面有很多颅神经穿出，脑干堵塞可累及相应颅神经，导致颅神经功能受损。例如，动眼神经受损可出现眼球运动障碍、瞳孔大小及对光反射异常；面神经受损可出现面瘫等。不同年龄人群发生颅神经功能受损时的表现和影响有所不同，如儿童可能因颅神经受损影响面部表情、吞咽等功能，进而影响进食和社交等。
体温调节紊乱
脑干中有体温调节中枢相关结构，脑干堵塞可导致体温调节紊乱，出现发热或低体温。由于体温调节功能异常，患者体温可能不能维持在正常范围内，波动较大。对于新生儿等体温调节能力较差的人群，脑干堵塞引起的体温调节紊乱可能会对其整体健康产生更严重的影响，需要特别关注体温变化并采取相应的体温调节措施。
