CT利用X射线断层扫描成像，对早期脑梗死尤其是小病灶和后颅窝受骨伪影干扰时显示不如MRI，检查速度快、价格便宜；MRI基于原子核共振成像，对脑血栓检出敏感性高、无辐射、软组织分辨率高但检查时间长、有金属植入物等禁忌且价格高，不同人群需根据自身情况选择，儿童、老年人、有基础疾病人群各有不同考量。
磁共振（MRI）：基于原子核在磁场内共振所产生信号经重建后成像的原理。人体内含有大量的氢原子核，将人体置于强大的磁场中，氢原子核会吸收磁场能量发生共振，然后释放出能量，通过接收线圈探测到这些能量信号，再经过计算机处理形成图像。磁共振对不同组织的氢质子密度、弛豫时间等参数敏感，能够更清晰地显示软组织的结构。
对脑血栓的显示情况
CT：在脑血栓发病早期，尤其是超急性期（发病6小时内），可能仅表现为轻微的密度改变，容易漏诊。但对于发病数小时后，较大的梗死灶可显示为低密度区，能较快发现较大的梗死病灶，对于出血性脑梗死也能较好鉴别，因为出血在CT上表现为高密度影。不过，CT对后颅窝等部位的病变显示受骨窗影响较大。
MRI：对脑血栓的检出敏感性高于CT，在发病数小时内，就能发现脑内的梗死病灶，尤其是脑干、小脑等后颅窝部位的梗死灶显示清晰。MRI通过不同的序列可以更准确地区分急性、亚急性和慢性梗死灶。例如，DWI（弥散加权成像）序列在急性脑梗死早期即可发现呈高信号的病灶，能更早地诊断脑梗死，对于早期治疗具有重要意义。
检查的优势与局限性
CT优势：检查速度快，一般几分钟内即可完成检查，适合急诊患者，能快速排除脑出血等情况。价格相对较为便宜，在基层医院应用广泛。
CT局限性：对早期脑梗死尤其是小的梗死灶显示不如MRI敏感，对于后颅窝等部位受骨伪影干扰较大。
MRI优势：无辐射，对软组织分辨率高，能更早、更清晰地发现脑梗死病灶，尤其是早期的微小梗死灶，对于脑梗死的早期诊断、病情评估和预后判断有重要价值。
MRI局限性：检查时间相对较长，一般需要10-30分钟不等，对于体内有金属植入物（如心脏起搏器、金属关节等）的患者不能进行检查。另外，价格相对较高。
不同人群的考虑
儿童：儿童进行CT检查时需要考虑辐射剂量问题，但对于怀疑脑血栓的儿童，在病情需要时，CT可以快速明确是否有出血等情况；而MRI检查一般适用于病情相对稳定、无金属植入物且能配合检查的儿童，MRI无辐射，对脑组织的显示更清晰，但检查时间长可能需要儿童安静配合。
老年人：老年人如果有幽闭恐惧症可能不适合MRI检查；对于一些患有心脏起搏器等金属植入物的老年人不能行MRI检查，此时CT可能是更合适的选择，但要注意早期脑梗死的检出可能相对MRI有一定延迟。
有基础疾病人群：对于患有严重肾功能不全的患者，使用MRI造影剂需要谨慎，而CT检查一般不涉及造影剂的问题（除非是增强CT）；对于有出血倾向的患者，MRI相对更安全，因为没有辐射，而CT如果是增强检查可能需要使用含碘造影剂，存在一定的肾损害和过敏风险。
