多囊肾无法完全治愈，可通过一般治疗（生活方式调整、控制血压）、并发症治疗（囊肿感染、出血、肾功能不全的相应治疗）、手术治疗（囊肿去顶减压术、肾移植）等多种手段控制病情进展、缓解症状和防治并发症，不同年龄患者治疗需考虑其生理特点等差异。
一般治疗
生活方式调整：对于不同年龄的患者，都需要注意避免剧烈运动，防止囊肿破裂，尤其是青少年和儿童，因为他们活动相对较多，更要避免腹部受到撞击等。成年患者也要注意适度运动，如散步等。保持低盐饮食，每日盐摄入应控制在3-5克以内，这对所有年龄段的患者都很重要，有助于控制血压和减轻肾脏负担。对于有高血压的患者，无论年龄大小，都要严格遵循低盐饮食。同时要戒烟限酒，吸烟和过量饮酒会加重肾脏损害，影响病情。
控制血压：高血压是多囊肾患者常见的并发症，会加速肾功能恶化。对于不同年龄的患者，都应积极控制血压。一般首选血管紧张素转换酶抑制剂（ACEI）或血管紧张素Ⅱ受体拮抗剂（ARB）类药物，但要根据患者具体情况调整，比如儿童患者使用这类药物时要密切监测肾功能和血钾等指标，因为儿童的生理特点与成人不同，药物代谢和耐受情况有差异。目标是将血压控制在130/80mmHg以下，如果患者伴有蛋白尿，可能需要将血压控制得更低。
并发症治疗
囊肿感染：如果发生囊肿感染，要使用抗生素治疗。对于不同年龄的患者，选择抗生素的种类和剂量有所不同。儿童患者要选择对肾脏毒性小的抗生素，根据感染的严重程度和病原体来选择合适的药物。成人患者则根据感染的病原体是细菌等的不同，选用相应敏感的抗生素，如为革兰阴性杆菌感染可选用第三代头孢菌素等。
囊肿出血：少量囊肿出血可采取保守治疗，如绝对卧床休息等；大量出血时可能需要介入治疗或手术治疗。对于儿童患者，大量出血时手术需更加谨慎，要充分评估手术风险和对儿童生长发育的影响；成人患者根据出血情况和身体状况选择合适的治疗方式。
肾功能不全：当发展到肾功能不全阶段时，要进行肾脏替代治疗的评估。对于儿童患者，在肾功能不全早期就要开始关注营养支持等，因为儿童处于生长发育阶段，营养状况对其影响很大。成人患者则根据肾功能不全的分期，如慢性肾脏病1-4期时可采取保守治疗延缓肾功能进展，到5期时可选择透析（血液透析或腹膜透析）或肾移植。肾移植是治疗终末期多囊肾肾功能不全的有效方法，但要考虑供体情况等，儿童患者肾移植相对复杂，需要综合考虑多种因素。
手术治疗
囊肿去顶减压术：适用于囊肿较大且有症状的患者。对于年轻患者，手术可以缓解囊肿对肾脏实质的压迫，延缓肾功能减退的速度，但手术也有一定风险，如出血、感染等并发症。对于老年患者，也要评估手术风险和受益情况，因为老年患者可能合并其他基础疾病，如心脏病、糖尿病等，手术风险相对较高。
肾移植：如果患者进入终末期肾病，肾移植是一种治疗选择。但由于多囊肾是遗传性疾病，移植后的肾脏也有可能再发生囊肿，不过移植肾的功能通常可以维持较长时间，提高患者的生活质量。在考虑肾移植时，要对供受体进行全面评估，包括供体的肾脏质量、受体的身体状况等，尤其要考虑儿童肾移植受体的特殊情况，如生长发育对移植肾的要求等。
