淋菌性肛门直肠炎由淋病奈瑟菌感染引起，传播途径有性传播（包括同性和异性性行为）、自身感染（泌尿生殖系统淋病通过手或污染物品传播到肛门直肠）、母婴传播（分娩时胎儿通过产道感染），不同人群感染风险不同，年轻性活跃、有不良生活方式等人群风险高，孕妇患淋病未治会危及自身及胎儿健康，需加强相关监测筛查。
同性性行为：男性男同性性行为者发生淋菌性肛门直肠炎的风险较高。由于肛门直肠的黏膜相对脆弱，在同性性行为过程中，直肠黏膜容易受损，淋病奈瑟菌更容易侵入并感染直肠黏膜。例如，有研究表明，男男性行为人群中淋菌性肛门直肠炎的发病率相对较高，这与他们特殊的性行为方式导致直肠黏膜接触病原体的机会增加有关。
异性性行为：女性与感染淋病奈瑟菌的男性发生无保护的异性性行为时，也可能感染淋病奈瑟菌，进而累及肛门直肠部位。女性的生殖系统与肛门直肠距离较近，在性行为过程中，病原体可能从阴道蔓延至肛门直肠，引发感染。
自身感染
患者自身患有泌尿生殖系统的淋病，如尿道炎、宫颈炎等，可能通过手或污染的物品将尿道口或阴道内的淋病奈瑟菌传播到肛门直肠部位，从而引起淋菌性肛门直肠炎。比如，患者用污染了淋病奈瑟菌的手触摸肛门，就可能导致病原体感染直肠。
母婴传播
母亲患有淋病时，在分娩过程中，胎儿通过产道时可能会感染淋病奈瑟菌，从而引发新生儿的淋菌性肛门直肠炎等淋病相关感染。不过，这种情况相对较少见，但在母亲淋病未得到有效控制时，存在一定的传播风险。
不同年龄、性别和生活方式的人群感染风险有所不同。例如，年轻性活跃人群由于性行为较为频繁，且对性传播疾病的防范意识相对较弱，感染淋菌性肛门直肠炎的风险较高；男性和女性在性行为中的不同角色也会影响感染几率；有不安全性行为、多个性伴侣等不良生活方式的人群，感染淋病奈瑟菌进而引发淋菌性肛门直肠炎的可能性显著增加。对于特殊人群，如孕妇，若患有淋病未及时治疗，不仅自身健康受影响，还可能危及胎儿健康，因此孕妇若有相关感染风险因素，应加强监测和早期筛查。
