炎症性肠病有消化系统症状如腹泻（不同类型特点有别）、腹痛（部位及发作规律因类型而异）、便血（溃疡性结肠炎常见且程度不一，克罗恩病相对少见）；有全身症状如活动期发热（儿童更易出现高热需关注）、营养不良（致体重减轻等）；还有肠外表现如口腔黏膜溃疡、关节症状（外周关节炎及脊柱关节病等）、皮肤病变（结节性红斑、坏疽性脓皮病等）。
腹痛：多为隐痛或绞痛，部位多在左下腹或下腹。克罗恩病的腹痛常位于右下腹或脐周，呈间歇性发作，常于进餐后加重，排便或肛门排气后缓解。这是因为克罗恩病可导致肠道的节段性炎症，病变肠段蠕动增强或痉挛引起疼痛。溃疡性结肠炎的腹痛一般为轻至中度的痉挛性疼痛，多有疼痛-便意-便后缓解的规律。
便血：溃疡性结肠炎患者较为常见，便血程度可轻可重，轻者粪便表面带血，重者大量便血。便血是由于肠道黏膜炎症、溃疡导致血管破裂出血所致。克罗恩病患者也可能出现便血，但相对溃疡性结肠炎较少见，且出血量一般较少。
全身症状
发热：活动期患者常出现低热或中等度发热，少数患者可出现高热。这是由于炎症反应导致体内炎性介质释放，引起体温调节中枢紊乱。儿童患者在炎症性肠病活动期可能更易出现发热，且需密切监测体温变化，因为儿童体温调节中枢不稳定，高热可能导致惊厥等不良后果。
营养不良：由于肠道吸收功能障碍以及慢性炎症消耗，患者可出现体重减轻、消瘦、贫血等表现。长期的营养不良会影响患者的生长发育（对于儿童患者）、降低机体免疫力等。例如儿童炎症性肠病患者，若出现营养不良，会影响身高、智力等方面的发育，需要保证充足的营养摄入，必要时可能需要营养支持治疗。
肠外表现
口腔黏膜溃疡：部分炎症性肠病患者可出现口腔黏膜溃疡，类似于复发性阿弗他溃疡，但持续时间可能较长。这与肠道炎症导致的全身免疫失衡有关，免疫复合物沉积在口腔黏膜等部位引起炎症反应。
关节症状：可出现外周关节炎，以大关节受累为主，如膝关节、踝关节等，表现为关节肿胀、疼痛、活动受限。还可能出现骶髂关节炎、脊柱炎等脊柱关节病表现，儿童患者出现关节症状时需警惕是否影响骨骼发育，因为炎症可能累及关节周围的骨组织，影响正常的生长。
皮肤病变：常见的有结节性红斑、坏疽性脓皮病等。结节性红斑表现为下肢伸侧的红色结节，有压痛；坏疽性脓皮病则表现为皮肤的溃疡性病变。皮肤病变也是机体免疫异常的外在表现。
