胃肠功能紊乱可由多种因素引起，生理因素方面年龄差异致儿童和老年人易出现，性别在经期等特殊情况可能有影响；饮食因素包括不合理饮食及食物不耐受或过敏；心理因素是长期精神压力通过神经内分泌系统影响；疾病因素有胃肠道疾病及其他系统疾病会影响；药物因素是某些药物的副作用可引发。
一、生理因素
年龄差异：儿童胃肠道发育尚未成熟，如婴儿的胃肠道蠕动调节功能不完善，容易出现胃肠功能紊乱，可能与消化酶分泌不足等有关；老年人胃肠功能逐渐衰退，胃肠道的运动、消化吸收等功能都有所下降，也更容易发生胃肠功能紊乱。
性别影响：一般无明显性别特异性导致胃肠功能紊乱，但在一些特殊情况或疾病关联上可能有差异，比如女性在经期时，体内激素水平变化可能会影响胃肠道的功能，出现胃肠不适等胃肠功能紊乱的表现。
二、饮食因素
不合理饮食：长期暴饮暴食，会加重胃肠道的消化负担，影响胃肠正常的蠕动和消化节律；过度节食会使胃肠道得不到足够的食物刺激，导致胃肠功能紊乱；摄入过多辛辣、油腻、刺激性食物，如辣椒、油炸食品等，会刺激胃肠道黏膜，破坏胃肠道的正常生理环境，影响胃肠的消化吸收功能，引发胃肠功能紊乱。例如，长期大量食用辛辣食物的人群，其胃肠道黏膜长期受到刺激，发生炎症、蠕动异常等胃肠功能紊乱情况的风险相对较高。
食物不耐受或过敏：部分人对某些食物存在不耐受或过敏情况，如乳糖不耐受者食用含乳糖的食物后，会出现腹胀、腹泻等胃肠功能紊乱的症状；对小麦、海鲜等过敏的人，进食相关食物后，胃肠道会出现过敏反应，表现为腹痛、呕吐、腹泻等胃肠功能紊乱表现。
三、心理因素
长期精神压力：当人长期处于高压力状态下，如工作压力大、学习负担重等，会通过神经内分泌系统影响胃肠道的功能。例如，长期精神紧张会导致交感神经兴奋，抑制胃肠道的蠕动和消化液分泌，从而引起胃肠功能紊乱，出现食欲不振、消化不良、腹痛、便秘或腹泻等症状。长期焦虑抑郁的患者，胃肠功能紊乱的发生率明显高于情绪平稳的人群，研究表明这类患者的胃肠道运动和感觉功能往往存在异常。
四、疾病因素
胃肠道疾病：如慢性胃炎、胃溃疡、十二指肠溃疡等胃部疾病，会影响胃的消化功能，导致食物排空延迟等，引发胃肠功能紊乱；肠炎、肠易激综合征等肠道疾病，会直接影响肠道的正常蠕动、吸收等功能，导致腹泻、腹痛、腹胀等胃肠功能紊乱表现。例如，肠易激综合征患者的肠道对刺激的敏感性增高，容易出现胃肠功能紊乱相关症状，其肠道的动力、感觉等功能均存在异常改变。
其他系统疾病：一些全身性疾病也可能影响胃肠道功能，如甲状腺功能亢进或减退，甲状腺激素水平异常会影响胃肠道的蠕动和代谢，导致胃肠功能紊乱；糖尿病患者可能并发糖尿病性胃轻瘫，出现胃排空延迟、腹胀、恶心、呕吐等胃肠功能紊乱症状，这是因为糖尿病引起的神经病变和血管病变影响了胃肠道的神经调节和血液供应。
五、药物因素
某些药物副作用：一些药物在使用过程中可能会引起胃肠功能紊乱的副作用，如非甾体类抗炎药（如阿司匹林、布洛芬等），长期或大量使用这类药物可能会损伤胃肠道黏膜，导致胃炎、溃疡等，引起胃肠功能紊乱；抗生素的广泛使用可能会破坏胃肠道的正常菌群平衡，引发肠道菌群失调，进而出现腹泻、腹痛等胃肠功能紊乱表现。
