胃肠炎的诊断涉及病史采集、体格检查、实验室检查和影像学检查。病史采集需考虑年龄、性别、生活方式和既往病史；体格检查包括生命体征和腹部检查；实验室检查有血常规、粪便常规、粪便病原学检查和血生化检查；影像学检查有腹部超声、胃镜或结肠镜检查，各检查从不同方面辅助诊断胃肠炎。
性别差异：一般无明显性别特异性，但在某些特定情况下可能有差异，如女性在月经期间身体抵抗力相对下降，若饮食不注意可能更易患胃肠炎。
生活方式：询问近期的饮食情况，包括是否食用过生冷、变质、被污染的食物，是否有暴饮暴食、饮酒过量等情况。还需了解近期的旅行史，若有外出旅行史，需考虑是否感染了异地的病原体。例如，长期在外就餐的人群感染细菌性胃肠炎的风险相对较高。
病史情况：询问既往是否有胃肠疾病史，如胃溃疡、十二指肠溃疡等，以及是否有药物过敏史，因为某些治疗胃肠炎的药物可能会引起过敏反应。
体格检查
生命体征：测量体温，胃肠炎患者可能出现发热，体温可因感染病原体的不同而有不同程度的升高；测量心率、血压，严重的胃肠炎可能导致脱水、电解质紊乱，从而引起心率加快、血压降低等表现。
腹部检查：观察腹部外形，有无腹胀等情况；触诊腹部，了解有无压痛、反跳痛，胃肠炎患者常表现为腹部不同程度的压痛，若出现反跳痛则需警惕是否合并有腹膜炎等情况；听诊肠鸣音，胃肠炎患者肠鸣音可能亢进或减弱，亢进提示胃肠道蠕动增快，减弱可能与肠道炎症导致的蠕动功能受抑制有关。
实验室检查
血常规：白细胞计数及分类可帮助判断感染类型，细菌感染时白细胞总数及中性粒细胞常升高；病毒感染时白细胞计数多正常或降低。例如，细菌感染引起的胃肠炎，血常规检查中白细胞计数往往明显升高，中性粒细胞比例也会升高。
粪便常规：观察粪便的外观、性状，如是否为稀便、水样便等；进行粪便镜检，可发现是否有白细胞、红细胞、寄生虫卵等。若粪便中有较多白细胞，提示肠道有炎症，常见于细菌感染性胃肠炎；若发现寄生虫卵则提示可能为寄生虫感染引起的胃肠炎。
粪便病原学检查：通过粪便培养等方法检测是否有致病病原体，如培养出沙门菌、志贺菌等则可明确为相应细菌感染引起的胃肠炎；对于病毒感染，可通过核酸检测等方法检测相关病毒抗原或核酸，如轮状病毒核酸检测等。
血生化检查：检测电解质（如钠、钾、氯等）、肝肾功能等，了解是否存在脱水、电解质紊乱及肝肾功能损害情况。胃肠炎患者由于呕吐、腹泻，易出现脱水和电解质紊乱，血生化检查可发现血钠、血钾等电解质水平异常；严重的胃肠炎可能影响肝肾功能，通过血生化检查能及时发现肝肾功能指标的变化。
影像学检查
腹部超声：一般用于排除其他腹部器质性疾病，如胆囊炎、阑尾炎等，胃肠炎患者腹部超声多无特异性改变，但可帮助鉴别诊断。例如，当患者有腹痛症状时，腹部超声可排除胆囊炎导致的腹痛，因为胆囊炎时超声可发现胆囊壁增厚、胆囊内结石等表现。
胃镜或结肠镜检查：对于一些症状不典型或需要明确肠道黏膜病变的患者，可考虑进行胃镜或结肠镜检查。胃镜检查可观察食管、胃、十二指肠的黏膜情况，了解是否有炎症、溃疡等病变；结肠镜检查可观察直肠、结肠的黏膜情况，有助于诊断结肠炎等肠道疾病引起的胃肠炎。但一般在胃肠炎急性期不优先进行内镜检查，以免加重肠道损伤，多在病情稳定后根据需要选择。
